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| 马口鱼全基因组简单重复序列特征分析与多态性标记开发 | |
| 作者姓名： | 葛健辉 关文志 任晋东 牛宝龙 胡金春 王伟 翁旭东 楼宝 于瑾 许晓军 |
| 作者单位： | 1. 浙江万里学院生物与环境学院;2. 浙江省农业科学院水生生物研究所;3. 衢州市水产技术推广中心;5. 龙游县养殖业发展中心 |
| 摘 要： | 为开发马口鱼(Opsariichthys bidens)多态性简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)标记,利用微卫星识别工具(microsatellite identification tool, MISA)搜索统计马口鱼全基因组SSR,采用生物信息学方法对其分布特征进行比较分析;选取39个三核苷酸SSR位点设计引物进行多态性检测。结果显示：马口鱼全基因组中SSR总数量为304 870个,占全基因组长度的0.10%;二核苷酸SSR为马口鱼基因组中的主要重复类型。5种重复类型SSR数量为二核苷酸SSR>四核苷酸SSR>三核苷酸SSR>六核苷酸SSR>五核苷酸SSR。内含子区SSR数量最多,为93 380个;5′非翻译区SSR数量最少,为622个。各区域SSR数量分布情况为内含子区>基因间隔区>启动子区>3′非翻译区>编码区>5′非翻译区。编码区数量最多的是三核苷酸SSR,而其他5个区域最多的是二核苷酸SSR。各重复类型拷贝数分布范围为5～350,主要集中在5～30。通过筛选得到15对多态性引物,在野生群... |
| 关 键 词： | 马口鱼 全基因组 简单重复序列 多态性 |
