| 基于GEO数据库构建精神分裂症miRNA-mRNA调控网络 |
| |
| 引用本文： | 何梅,游旭,杨云斌,李艳萍,张丽芬,卢自祥,张云桥,龙青,马晓,曾勇.基于GEO数据库构建精神分裂症miRNA-mRNA调控网络[J].四川精神卫生,2022,35(2):120-125. |
| |
| 作者姓名： | 何梅 游旭 杨云斌 李艳萍 张丽芬 卢自祥 张云桥 龙青 马晓 曾勇 |
| |
| 作者单位： | 1.红河州第二人民医院，云南 红河 654300;2.昆明医科大学第六附属医院，云南 玉溪 653100 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（项目名称：LncRNA XIST41通过IL-6调控神经炎症影响精神分裂症发病的机制研究，项目编号：81960254）；国家自然科学基金项目（项目名称：LncRNA LINCO1547靶向miR-34c-5p促进IL-1β表达影响精神分裂症发病的机制研究，项目编号：82060257） |
| |
| 摘 要： | 目的 构建miRNA-mRNA调控网络，为探索精神分裂症的分子遗传学发病机制研究提供新的思路。方法 于2021年7月在GEO数据库下载精神分裂症外周血miRNA（GSE54578）和死后大脑扣带回mRNA（GSE145554）微阵列数据集，利用GEO2R获取差异表达的miRNA和mRNA，筛选具有靶向mRNA的差异表达miRNA并预测其上游潜在的转录因子；然后，将差异表达miRNA所靶向mRNA与GSE145554数据集所获取的差异表达mRNA取交集基因；最后，对交集基因实施GO和KEGG通路富集分析以揭示它们的生物学功能，构建交集基因PPI网络和miRNA-mRNA调控网络。结果 GSE54578共识别出8个上调且具有靶向mRNA的差异表达miRNA，差异表达miRNA共预测出转录因子10个；GSE145554识别出247个下调的差异表达mRNA，取交集基因后筛选出17个目标mRNA；GO分析显示，目标mRNA主要参与星形胶质细胞的分化与发育等，KEGG通路富集分析显示，目标mRNA主要参与Rap1和Ras信号传导通路等，PPI网络分析显示，mRNA（KRAS和CD28）可能是精神分裂症的关键基因。结论 基于GEO数据库并整合生物信息学不仅能识别精神分裂症的潜在易感基因，并有助于构建精神分裂症miRNA-mRNA调控网络。
|
| 关 键 词： | 精神分裂症 miRNA mRNA 调控网络 生物信息学 GEO |
| 收稿时间： | 2021/12/6 0:00:00 |
Exploring the miRNA-mRNA regulatory network in schizophrenia based on GEO database |
| |
| He Mei,You Xu,Yang Yunbin,Li Yanping,Zhang Lifen,Lu Zixiang,Zhang Yunqiao,Long Qing,Ma Xiao,Zeng Yong.Exploring the miRNA-mRNA regulatory network in schizophrenia based on GEO database[J].Sichuan Mental Health,2022,35(2):120-125. |
| |
| Authors: | He Mei You Xu Yang Yunbin Li Yanping Zhang Lifen Lu Zixiang Zhang Yunqiao Long Qing Ma Xiao Zeng Yong |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Schizophrenia miRNA mRNA Regulatory network Bioinformatics GEO |
|
| 点击此处可从《四川精神卫生》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《四川精神卫生》下载全文 |
