| 白鲜根转录组高通量测序与数据分析 |
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| 引用本文： | 李依民,张化为,陈莹,张明英,刘阿萍,宋小妹,杨新杰,张岗.白鲜根转录组高通量测序与数据分析[J].中草药,2018,49(21):4975-4982. |
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| 作者姓名： | 李依民 张化为 陈莹 张明英 刘阿萍 宋小妹 杨新杰 张岗 |
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| 作者单位： | 陕西中医药大学药学院陕西省中药基础与新药研究重点实验室, 陕西 西安 712046,陕西中医药大学药学院陕西省中药基础与新药研究重点实验室, 陕西 西安 712046,陕西中医药大学药学院陕西省中药基础与新药研究重点实验室, 陕西 西安 712046,陕西中医药大学药学院陕西省中药基础与新药研究重点实验室, 陕西 西安 712046,陕西中医药大学药学院陕西省中药基础与新药研究重点实验室, 陕西 西安 712046,陕西中医药大学药学院陕西省中药基础与新药研究重点实验室, 陕西 西安 712046,陕西中医药大学药学院陕西省中药基础与新药研究重点实验室, 陕西 西安 712046,陕西中医药大学药学院陕西省中药基础与新药研究重点实验室, 陕西 西安 712046 |
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| 基金项目： | 陕西省教育厅专项（18JK0216）；陕西中医药大学新进博士科研启动经费（104080001）；陕西省教育厅科学研究项目（17JK0215）；陕西省高校青年杰出人才支持计划项目；陕西省科技厅社发攻关项目（2013K14-03-08）；咸阳市中青年科技领军人才项目 |
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| 摘 要： | 目的获得白鲜Dictamnus dasycarpus根转录组信息特征。方法以白鲜根为研究对象,采用Illumina HiSeq TM 2000150PE进行高通量转录组测序并进行数据分析。结果转录组测序共获得69 643 286条高质量序列(clean reads),Trinity denovo组装获得49 050条unigenes,平均长度841 nt。BLAST分析显示分别有31 636(64.49%)、22 367(45.60%)、19 246(39.23%)、12 595(25.68%)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,可归为GO分类的生物过程、细胞组分和分子功能3大类42分支,涉及132个KEGG标准代谢通路,其中包括18个次生代谢标准通路。进一步分析获得90个基因参与多种生物碱生物合成通路。蛋白编码框序列1 908个,高等植物转录因子55个家族;借助MISA软件发现4 579个SSRs,三碱基重复最丰富,有2 021个,出现频率为44.1%;五碱基重复SSRs仅占3.5%。结论利用高通量测序技术获得白鲜根转录组信息特征,为后期白鲜基因功能鉴定、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础。
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| 关 键 词： | 白鲜 转录组 功能基因 代谢通路 简单重复序列 |
| 收稿时间： | 2018/4/5 0:00:00 |
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