| 基于转录组数据分析药用大黄的密码子使用偏好性 |
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| 引用本文： | 高梦琦,邹建珍,霍小位,李依民,张明英,高静,张岗,刘蒙蒙.基于转录组数据分析药用大黄的密码子使用偏好性[J].中草药,2021,52(20):6344-6349. |
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| 作者姓名： | 高梦琦 邹建珍 霍小位 李依民 张明英 高静 张岗 刘蒙蒙 |
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| 作者单位： | 河北大学中医学院, 河北 保定 071002;河北大学药学院, 河北 保定 071002;陕西中医药大学药学院 陕西省秦岭中草药应用开发工程技术研究中心, 陕西西安 712046 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目（81973430）；河北省自然科学基金资助项目（H2020201006）；河北大学医学学科培育项目（2021B10）；陕西省重点产业创新链（群）项目（2021ZDLSF04-01）；陕西省高校青年杰出人才支持计划项目；陕西中医药大学学科创新团队项目（2019-QN01） |
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| 摘 要： | 目的研究药用大黄Rheum officinale转录组编码序列的密码子使用特点及其影响因素,为蒽醌类化合物异源合成的载体选择及药用大黄分子进化研究提供理论基础。方法利用perl程序及Codon W软件分析4733条药用大黄转录组编码序列的密码子使用偏好性。结果药用大黄转录组编码序列的GC、GC3平均含量分别为45.6%、44.73%,GC12与GC3存在显著正相关(r=0.215,P0.001);ENc-GC3中性图及偏倚性分析结果显示,大部分基因分布于远离期望曲线和平面中心点,大部分基因分布偏离期望曲线和中心点。通过基因高表达筛选密码子方法确定了29个药用大黄的最优密码子,大多数的最优密码子以U和A结尾。结论突变压力在药用大黄转录组编码序列的密码子使用偏好性形成过程这起到主要作用。
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| 关 键 词： | 药用大黄 转录组 密码子偏好性 最优密码子 突变压力 |
| 收稿时间： | 2021/4/10 0:00:00 |
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