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| 基于生物信息学筛选炎症相关结直肠癌基因及其特征分析 | |
| 作者姓名： | 刘欣然 康悦 于守江 于永生 刘玉伟 王洪伟 |
| 作者单位： | 1. 150000 哈尔滨医科大学附属第四医院松北普外科 2. 150000 哈尔滨医科大学附属第二医院普通外科十病房 3. 150000 哈尔滨医科大学附属第四医院普通外科四病房 |
| 摘 要： | 目的通过对炎症性肠病差异基因的筛选以及结直肠癌队列生存特征和表达模式的探究，为炎症相关结直肠癌的发生与发展的后续研究提供候选基因。
方法从GEO数据库中选择RNA测序表达谱数据集GSE95473和GSE107597，通过常规转录组表达谱差异分析，筛选出炎症性肠病差异表达基因（DEG），利用GO数据库获取DEG的功能注释，并利用KEGG数据库进行通路富集分析。同时基于TCGA数据库进一步在结直肠癌数据集中筛选具有预后意义的基因，并评价其在结直肠肿瘤中的表达特征。
结果两个数据集筛选到了共有DEGs 100个，通过主成分分析证实这些基因能够对结直肠癌肿瘤和黏膜区分良好。进一步筛选，获得ALDOB，SPINK4，REG4，IL1B，C2CD4A，CXCL8，NOS2，CXCL3等候选基因。这些基因在结直肠肿瘤中高表达，并且这些基因的高表达往往提示患者预后较好。
结论ALDOB，SPINK4，REG4，IL1B，C2CD4A，CXCL8，NOS2，CXCL3可能在炎症相关结直肠癌的发生发展中发挥重要作用，有待于后续炎癌转化相关功能验证和机制探究。 |
| 关 键 词： | 结直肠肿瘤 炎症性肠病 炎癌转化 生物信息学 GEO数据库 TCGA数据库 |
| 收稿时间： | 2019-11-11 |
Screening and characterization of inflammation-related genes in colorectal cancer based on bioinformatics |
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| Authors: | Xinran Liu Yue Kang Shoujiang Yu Yongsheng Yu Yuwei Liu Hongwei Wang |
| Affiliation: | 1. Department of General Surgery, the Fourth Affiliated Hospital, Harbin Medical University, Harbin 150000, China 2. the 10th Department of General Surgery, the Second Affiliated Hospital, Harbin 150000, China 3. the 4th Department of General Surgery, the Fourth Affiliated Hospital, Harbin 150000, China |
| Abstract: | |
| Keywords: | Colorectal neoplasms Inflammatory bowel disease Inflammatory cancer transformation Bioinformatics GEO database TCGA database |
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