| 创伤性脊髓损伤后环状非编码RNA-微小RNA潜在调控网络信息挖掘 |
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| 引用本文： | 王文朝,王善玺,张正东,李军,谢伟,苏延林,陈佳男,刘雷.创伤性脊髓损伤后环状非编码RNA-微小RNA潜在调控网络信息挖掘[J].中国修复重建外科杂志,2020,34(2):213-219. |
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| 作者姓名： | 王文朝 王善玺 张正东 李军 谢伟 苏延林 陈佳男 刘雷 |
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| 作者单位： | 四川大学华西医院骨科;重庆市九龙坡区第二人民医院骨科;山东第一医科大学附属第二医院急诊科;山东大学附属济南市中心医院骨科 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(81874002);四川省科技厅项目(2018SZ0159);四川省创新创业苗子工程重点项目(2019JDRC0100);国家老年疾病临床医学研究中心(四川大学华西医院)项目(Y2018B22、Z20192013);山东省医药卫生科技发展计划项目(2016WS0618);重庆市九龙坡区科技计划项目(201850)~~ |
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| 摘 要： | 目的通过高通量测序获取创伤性脊髓损伤(traumatic spinal cord injury,TSCI)后环状非编码RNA(circular RNA,circRNA)与微小RNA(microRNA,miRNA)表达谱,预测潜在circRNA-miRNA调控网络。方法取48只雄性C57BL/6小鼠(体质量18~22 g)随机均分为两组(n=24),TSCI组采用Allen’s打击器械制备TSCI模型,假手术组(Sham组)仅切开椎板不损伤脊髓。术后3 d,两组取材行HE染色,观察脊髓组织结构;提取组织总RNA建库,高通量测序鉴定circRNA和miRNA差异表达谱,基因本体分析(gene ontology,GO)注释差异表达的circRNA宿主基因功能,筛选显著差异表达的miRNA,通过TargetScan和miRanda预测circRNAmiRNA靶向结合,筛选关键circRNA,构建潜在调控网络。结果HE染色示Sham组小鼠脊髓结构完整无破裂,TSCI组脊髓结构有明显损伤破裂。测序共鉴定出17440个circRNA、1228个miRNA。差异表达的circRNA宿主基因主要富集在细胞质,生物过程中差异基因主要富集在转录的正调控和蛋白磷酸化过程。差异表达最显著的miRNA为mmu-miR-21-5p,筛选出可与其靶向结合的circRNA6730,以circRNA6730为核心构建潜在circRNAmiRNA调控网络。结论通过表达谱分析和功能注释分析,显著差异表达的circRNA和miRNA有潜在的临床标志物价值,以circRNA6730为核心包含mmu-miR-21-5p的靶向互作网络可能在TSCI的发生发展过程中起重要调控作用,有助于阐明TSCI的病理生理进程机制,为临床诊疗提供新思路。
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| 关 键 词： | 创伤性脊髓损伤 环状非编码RNA 微小RNA 调控网络 |
| 收稿时间： | 2019 May 18 |
Identification of potential traumatic spinal cord injury related circular RNA-microRNA networks by sequence analysis |
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| WANG Wenzhao,WANG Shanxi,ZHANG Zhengdong,LI Jun,XIE Wei,SU Yanlin,CHEN Jianan,LIU Lei.Identification of potential traumatic spinal cord injury related circular RNA-microRNA networks by sequence analysis[J].Chinese Journal of Reparative and Reconstructive Surgery,2020,34(2):213-219. |
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| Authors: | WANG Wenzhao WANG Shanxi ZHANG Zhengdong LI Jun XIE Wei SU Yanlin CHEN Jianan LIU Lei |
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| Affiliation: | (Department of Orthopedics,West China Hospital,Sichuan University,Chengdu Sichuan,610041,P.R.China;Department of Orthopedics,the Second People's Hospital ofjiulongpo District,Chongqing,400050,P.R.China;Department Emergency Medicine,the Second Affiliated Hospital of Shandong First Medical University,Taian Shandong,271000,P.R.China;Department of Orthopedics,Jinan Central Hospital Affiliated to Shandong University,Jinan Shandong,250000,P.R.China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Traumatic spinal cord injury circular RNA microRNA regulatory network |
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