| 肠道硫酸盐还原菌DGGE分析技术的建立 |
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| 引用本文： | 刘辰雷,殷晓晨,龙文敏,费娜,赵立平,庞小燕.肠道硫酸盐还原菌DGGE分析技术的建立[J].中国微生态学杂志,2013,25(6). |
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| 作者姓名： | 刘辰雷 殷晓晨 龙文敏 费娜 赵立平 庞小燕 |
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| 作者单位： | 上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室,上海,200240 |
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| 基金项目： | 国家自然基金项目(项目编号：30800155) |
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| 摘 要： | 目的 建立分析肠道内硫酸盐还原菌(Sulfate-reducing bacteria,SRB)组成的变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)技术,并用于分析10例健康人粪便样品中的SRB组成.方法 从GenBank中下载13株脱硫弧菌科细菌的腺苷酰硫酸还原酶α亚基基因(aprA)的序列,利用Clustal X、Simulated PCR (SPCR)软件比较、评估了2对针对aprA 基因的引物(AprA-3-FW/APS-RV和AprA-1-FW/AprA-5-RV)用于扩增粪便样品中的SRB的特异性.确定PCR引物和条件,进一步摸索并建立DGGE分析体系.结果 Clustal X和SPCR软件分析的结果均表明引物AprA-3-FW/APS-RV优于AprA-1-FW/AprA-5-RV.实际PCR的结果也显示AprA-1-FW/AprA-5-RV扩增效率低并有非特异扩增.建立DGGE体系,对10例健康人肠道中SRB的分析显示,每个个体肠道中SRB的种类有l到5种不等.结论 基于aprA序列的DGGE技术是分析肠道SRB组成的有效方法.
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| 关 键 词： | 硫酸盐还原菌 腺苷酰硫酸还原酶基因 DGGE 肠道菌群 |
Development of a group-specific PCR-based DGGE for analyzing sulfate-reducing bacteria in human gut |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Sulfate-reducing bacteria Adenosine-5'-phosphosulfate reductase DGGE Gut microbiota |
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