| 系统发生树构建方法综述 |
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| 引用本文： | 郭 静,王 超,张宏彬,陈 崚.系统发生树构建方法综述[J].计算机应用研究,2013,30(3):647-655. |
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| 作者姓名： | 郭 静 王 超 张宏彬 陈 崚 |
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| 作者单位： | 1. 扬州工业职业技术学院 电子信息工程系,江苏 扬州,225127
2. 1. 扬州大学 信息工程学院, 江苏 扬州 225009; 2. 南京大学 软件新技术国家重点实验室, 南京 210093 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目（60673060, 60773103）; 江苏省自然科学基金资助项目（BK2008206）; 江苏省教育厅自然科学基金资助项目（08kjb520012） |
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| 摘 要： | 介绍了系统发生树构建的传统算法,总结了近年来用于构建系统发生树的各种群智能算法,主要包括蚁群算法、遗传算法和粒子群算法等。最后介绍了目前较新的系统发生网络分析方法,并对未来发展作了展望。
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| 关 键 词： | 系统发生树 群智能算法 蚁群算法 遗传算法 粒子群算法 系统发生网络 |
Review of phylogenetic tree construction |
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| GUO Jing,WANG Chao,ZHANG Hong-bin,CHEN Ling.Review of phylogenetic tree construction[J].Application Research of Computers,2013,30(3):647-655. |
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| Authors: | GUO Jing WANG Chao ZHANG Hong-bin CHEN Ling |
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| Affiliation: | 1. Dept. of Electronic & Information Engineering, Yangzhou Polytechnic Institute, Yangzhou Jiangsu 225127, China; 2. College of Information Engineering, Yangzhou University, Yangzhou Jiangsu 225009, China; 3. National Key Laboratory of Novel Software Technology, Nanjing University, Nanjing 210093, China |
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| Abstract: | This paper first introduced the traditional algorithm for phylogenetic tree construction, and then reviewed the swarm intelligence algorithms used to construct phylogenetic trees in recent years, such as ant colony algorithm, genetic algorithms and particle swarm optimization. Finally, this paper introduced the application of phylogenetic networks, and the future deve-lopment prospect. |
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| Keywords: | phylogenetic tree swarm intelligence algorithms ant colony algorithm genetic algorithms particle swarm optimization phylogenetic networks |
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