| 多重序列比对的蚁群算法 |
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| 引用本文： | 陈娟,陈崚.多重序列比对的蚁群算法[J].计算机应用,2006,26(Z1):124-128. |
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| 作者姓名： | 陈娟 陈崚 |
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| 作者单位： | 1. 扬州大学,信息工程学院,江苏,扬州,225009
2. 扬州大学,信息工程学院,江苏,扬州,225009;南京大学,计算机软件新技术国家重点实验室,江苏,南京,210093 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金;国家专项基金;国家自然科学基金;国家重点实验室基金 |
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| 摘 要： | 序列多重比对是生物信息学特别是生物序列分析中的一个重要的操作.提出了一种解决多重序列比对的蚁群算法,利用了人工蚂蚁逐个选择各个序列中的字符进行配对.在算法中,蚂蚁根据信息素、字符匹配得分以及位置偏差等信息决定选择各序列中的字符的概率,通过信息素的更新与调节相结合的策略,以及参数的动态自适应调节方法,较为有效地解决了局部收敛的问题,加强了算法寻求全局最优解的能力.实验显示,该算法可以有效解决多重序列比对问题.
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| 关 键 词： | 生物信息学 序列多重比对 蚁群算法 |
| 文章编号： | 1001-9081(2006)06Z-0124-05 |
| 修稿时间： | 2005年8月29日 |
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