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| 改进的势能曲面变平法在二维非格点模型中的应用 | |
| 引用本文： | 刘景发,陈端兵,刘朝霞.改进的势能曲面变平法在二维非格点模型中的应用[J].计算机科学,2008,35(10):243-245. |
| 作者姓名： | 刘景发 陈端兵 刘朝霞 |
| 作者单位： | 1. 南京信息工程大学计算机与软件学院,南京210044;衡阳师范学院数学系,衡阳421008 2. 电子科技大学计算机科学与工程学院,成都,610054 3. 南京信息工程大学计算机与软件学院,南京,210044 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金，湖南省教育厅青年基金 |
| 摘 要： | 蛋白质结构预测问题是生物信息学中的一个重要问题.缺少一种有效的全局寻优方法是阻碍这一问题解决的关键.势能曲面变平(ELP)法是一种启发式的全局优化方法,是一种推广的Monte Carlo方法,已成功地应用于许多优化问题.在ELP法的基础上,提出了改进的势能曲面变平(ELP )算法.将ELP 算法应用于二维非格点的蛋白质AB模型,预测和发现四条链长分剐为13,21,34和55的氨基酸序列的蛋白质结构.数值实验表明,ELP 算法是一种预测蛋白质结构的有效算法. |
| 关 键 词： | 蛋白质结构预测 非格点模型 Monte Carlo方法 ELP方法 |
Improved Energy Landscape Paving Method and its Application in 2D Off-lattice Model |
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| LIU Jing-fa,CHEN Duan-bing,LIU Zhao-xia.Improved Energy Landscape Paving Method and its Application in 2D Off-lattice Model[J].Computer Science,2008,35(10):243-245. | |
| Authors: | LIU Jing-fa CHEN Duan-bing LIU Zhao-xia |
| Affiliation: | LIU Jing-fa1,3 CHEN Duan-bing2 LIU Zhao-xia1(Computer , Software Institute,Nanjing University of Information Science , Technology,Nanjing 210044,China)1(School of Computer Science & Engineering,University of Electronic Science , Technology of China,Chengdu 610054,China)2(Department of Mathematics,Hengyang Normal University,Hengyang 421008,China)3 |
| Abstract: | Protein structure prediction problem is one of the most prominent problems of bioinformatics.Lacking powerful optimization method is the key obstacle to solve this problem.The energy landscape paving(ELP)method is a class of heuristic global optimization algorithm and a generation of Monte Carlo method,and has been successfully applied to solving many optimization problems.Based on the ELP method,an improved energy landscape paving(ELP+)algorithm is put forward.The ELP+ algorithm is applied to the 2D off-la... |
| Keywords: | Protein structure prediction Off-lattice model Monte Carlo method ELP method |
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