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| DNA计算中核酸序列设计方法比较研究(英文) | |
| 引用本文： | 张凯,耿修堂,肖建华,赵东明.DNA计算中核酸序列设计方法比较研究(英文)[J].计算机学报,2008,31(12). |
| 作者姓名： | 张凯 耿修堂 肖建华 赵东明 |
| 作者单位： | 1. 北京大学信息科学技术学院,北京,100871 2. 中国兵器工业集团公司,陕西,成阳,712099 3. 南开大学现代物流研究中心,天津,300071 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金 ， 国家"八六三"高技术研究发展计划项目基金 ， 中国教育部博士点基金 ， 中国博士后科学基金 |
| 摘 要： | DNA计算是将现实问题进行编码，映射到DNA分子上，然后通过分子生物实验产生出代表问题解的DNA分子，最后通过检测技术提取出该DNA分子．高质量的DNA编码可以尽可能避免或减少计算过程中出现的错误，并使检测阶段易于提取出代表问题解的DNA分子．文中对基于汉明距离和基于自由能的DNA核酸编码方法进行研究，分析了两类方法的约束条件对DNA编码质量的影响，比较了两类方法排除非特异性杂交的完备性和计算量，进一步分析了两类方法编码DNA序列的效率．通过分析和比较得到，两类DNA计算编码方法都能有效地限制DNA分子间的非特异性杂交，其中基于汉明距离的DNA编码方法的计算量比较小，但是它仅能近似地估计DNA分子间杂交的热力学稳定性，不能完全替代最小自由能的编码方法．在满足DNA计算试验精度要求的条件下，采用基于汉明距离的DNA编码设计方法不仅能有效地的挑选出特异性杂交和非特异性杂交的DNA序列，还能有效地减少计算量，从而提高DNA序列设计的效率． |
| 关 键 词： | DNA计算 自由能 汉明距离 DNA序列设计 |
Research on Nucleic Acid Sequence Design Methods for DNA Computing |
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| ZHANG Kai,GENG Xiu-Tang,XIAO Jian-Hua,ZHAO Dong-Ming.Research on Nucleic Acid Sequence Design Methods for DNA Computing[J].Chinese Journal of Computers,2008,31(12). | |
| Authors: | ZHANG Kai GENG Xiu-Tang XIAO Jian-Hua ZHAO Dong-Ming |
| Affiliation: | ZHANG Kai1)GENG Xiu-Tang2)XIAO Jian-Hua3)ZHAO Dong-Ming1)1)(School of Electronics Engineering , Computer Science,Peking University,Beijing 100871)2)(China North Industries Group Corporation,Xianyang,Shaanxi 712099)3)(Research Center of Logistics,Nankai University,Tianjin 300071) |
| Abstract: | DNA computing maps the instances of a reality problem onto specific nucleic acid molecules and protocols so that the result contains the answers to the problem's instances to enable successful extraction.Good DNA sequences prevent unwanted hybridization errors during the computation and enable easy retrieval the answers in the extraction phase.At first,the paper introduces two typical nucleic acid sequence methods,free energy based method and Hamming distance based method,and analyzes the influence of const... |
| Keywords: | DNA computing free energy Hamming distance DNA sequence design |
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