基于重测序的‘金兰柚’基因组InDel标记的开发及应用 |
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引用本文: | 汤雨晴,杨惠栋,闫承璞,王斯妤,王雨亭,胡钟东,朱方红.基于重测序的‘金兰柚’基因组InDel标记的开发及应用[J].园艺学报,2023(1):15-26. |
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作者姓名: | 汤雨晴 杨惠栋 闫承璞 王斯妤 王雨亭 胡钟东 朱方红 |
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作者单位: | 江西省农业科学院园艺研究所 |
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摘 要: | 基于重测序进行金兰柚全基因组InDel标记开发。利用二代测序技术对‘金兰柚’进行全基因组重测序,运用BWA软件将测序得到的片段与参考基因组序列进行比对,利用严格的参数筛选杂合InDel,结合Primer 3.0设计扩增引物,进行PCR扩增并利用琼脂糖凝胶电泳验证,以重测序材料‘金兰柚’和47份柚品种检测其有效性。在全基因组范围内共筛选出81对扩增条带清晰的引物。筛选出的多态性标记涵盖了整个‘金兰柚’基因组,平均每条染色体上9个。选取的24对InDel标记可以将48份柚品种有效区分,最少使用2对引物就可将‘金兰柚’与其他47份柚品种完全区分。利用UPGMA构建48份柚品种的聚类树状图,在遗传相似系数为0.611的阈值处可将48个柚品种分为3大类群。本研究中的InDel标记带型简单易读,适宜柚DNA指纹图谱构建和品种鉴定,可为柚名优品种保护、原产地溯源管理等提供科学依据。
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关 键 词: | 柚 重测序 InDel标记 |
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