| 氨基酸编码方式对SVM预测蛋白质二级结构的影响 |
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| 引用本文： | 邹东升,何中市,何静媛.氨基酸编码方式对SVM预测蛋白质二级结构的影响[J].四川大学学报(自然科学版),2008,45(6):1367-1370. |
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| 作者姓名： | 邹东升 何中市 何静媛 |
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| 作者单位： | 重庆大学计算机学院,重庆,400044 |
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| 基金项目： | 重庆市自然科学基金(2007BB2134)；重庆大学国家大学生创新性实验计划项目(CQUCX-2007-18) |
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| 摘 要： | 为研究蛋白质二级结构预测时采用哪种氨基酸编码方式具有更好的预测精度，使用正交编码、5位编码、Codon编码（2种）和Profile编码等5种不同的氨基酸编码方式，并用SVM（支持向量机）进行蛋白质二级结构预测.实验结果表明，经过多重序列比对，包含更多生物进化信息的Profile编码方式的预测精度比起其他4种编码方式高出19.4%～23.9%.
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| 关 键 词： | 蛋白质二级结构预测 氨基酸编码 Profile编码 |
| 收稿时间： | 9/3/2007 12:00:00 AM |
Influence of data encoding on protein secondary structure prediction using support vector machine |
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| ZOU Dong-Sheng,HE Zhong-Shi and HE Jing-Yuan.Influence of data encoding on protein secondary structure prediction using support vector machine[J].Journal of Sichuan University (Natural Science Edition),2008,45(6):1367-1370. |
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| Authors: | ZOU Dong-Sheng HE Zhong-Shi and HE Jing-Yuan |
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| Affiliation: | College of Computer Science, Chongqing University;College of Computer Science, Chongqing University;College of Computer Science, Chongqing University |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | SVM |
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