| 香蕉EST-SNP标记的开发 |
| |
| 引用本文： | 赵涛,王静毅,刘菊华,徐碧玉,金志强.香蕉EST-SNP标记的开发[J].江苏农业科学,2019,47(21). |
| |
| 作者姓名： | 赵涛 王静毅 刘菊华 徐碧玉 金志强 |
| |
| 作者单位： | 中国热带农业科学院热带作物生物技术研究所/农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室,海南海口571101;南京农业大学园艺学院,江苏南京210095;中国热带农业科学院热带作物生物技术研究所/农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室,海南海口,571101;中国热带农业科学院热带作物生物技术研究所/农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室,海南海口571101;中国热带农业科学院海口实验站/海南省香蕉遗传改良重点实验室,海南海口570102 |
| |
| 基金项目： | 海南省重点研发计划;国家自然科学基金;现代农业产业技术体系建设专项;中央级公益性科研院所基本科研业务费专项 |
| |
| 摘 要： | 为发掘出一批香蕉的SNP位点、进一步研究香蕉的遗传关系、相关性状的定位等打下基础,从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的dbEST数据库下载46 665条香蕉EST序列,经生物信息学方法分析发掘EST-SNP位点,并对其所在核酸序列进行功能注释分析。通过对46 665条EST进行拼接,共得到3 490条重叠群(contigs),在含有4条以上重叠群中发现有39条重叠群中含有SNP位点,从中筛选出127个候选SNP位点,其碱基突变类型中转换、颠换分别占SNP位点总数的63.78%、36.22%。通过序列比对分析发现了34个与香蕉相关基因,证明NCBI中的香蕉EST数据库数据量大,能够发掘出SNP标记对香蕉进行品种鉴定、分类和遗传多样性分析。
|
| 关 键 词： | 香蕉 EST序列 SNP位点 重叠群 转换 颠换 序列比对分析 遗传多样性 |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
|
