基于肺腺癌组织中可变剪接数据构建剪接因子-可变剪接调控网络的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法筛选与肺腺癌（LUAD）患者生存相关的可变剪接（AS）事件，构建剪接因子（SF）-AS调控网络，为LUAD患者的预后评价提供新思路。 方法 由癌症基因组图谱（TCGA）数据库中下载LUAD患者转录组数据和临床数据。从SF表达和RNA靶点（SpliceAid2）数据库中下载LUAD患者AS数据。对LUAD患者生存相关AS事件进行单因素Cox回归分析。采用LASSO回归分析和多因素Cox回归分析构建LUAD患者预后风险模型，基于该模型计算每种AS事件的风险评分，采用 Kaplan-Meier（K-M）生存分析和受试者工作特征曲线（ROC）评价模型的可靠性。通过Cox 回归分析风险模型、临床参数与LUAD患者独立预后的关系。采用Pearson检验对SF和与预后相关的AS事件进行相关性分析，并通过Cytoscape软件构建SF-AS互作网络。 结果 筛选获取与生存相关的AS事件43 948个，共7种类型，主要以外显子活跃（ES）事件和可变终止子（AT）事件为主。构建AS事件预后风险模型，基于该模型风险评分将LUAD患者分为高风险组和低风险组，K-M生存分析，高风险组LUAD患者总生存（OS）率较低风险组低（P<0.05）。ROC曲线分析，LUAD患者预后风险模型预测性良好，曲线下面积（AUC）为0.824。SF-AS调控网络，12个与预后相关SFs正向或负向调节AS事件，可预测LUAD患者的不良预后。 结论 筛选了与LUAD患者预后相关的AS事件和上游的调控因子SF，构建了SF-AS网络，为进一步研究AS事件与LUAD患者预后的相关性提供理论依据。