苹果PIN家族基因鉴定及在不定根形成中的表达分析 |
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引用本文: | 方森,宋雪莲,韩轩轩,宋春晖,焦健,王苗苗,宋尚伟,郑先波,白团辉.苹果PIN家族基因鉴定及在不定根形成中的表达分析[J].果树学报,2023(9):1789-1799. |
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作者姓名: | 方森 宋雪莲 韩轩轩 宋春晖 焦健 王苗苗 宋尚伟 郑先波 白团辉 |
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作者单位: | 河南农业大学园艺学院 |
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基金项目: | 国家重点研发计划(2019YFD1000100、2018YFD1000300);;国家自然科学基金(31872058);;河南省科技攻关项目(222102110041); |
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摘 要: | 【目的】探究苹果PIN全基因组特征及在不定根形成过程中的表达分析,以便更深入地了解其结构特点与潜在功能,为研究不定根形成的分子机制奠定基础。【方法】利用苹果基因组数据库GDR和HMMER对苹果PIN基因家族成员进行鉴定并编号,用MEGA、TBtools和MEME等生物信息学软件对其家族成员的基因定位、系统进化关系、基因结构、保守motif基序和蛋白保守结构域等进行分析,并采用qRT-PCR方法对PIN基因家族成员在不定根形成中的表达模式进行分析。【结果】苹果PIN基因家族有13个成员,分布于基因组8条染色体上,氨基酸数目在357~660个之间,蛋白质分子质量为38.84~71.61 ku,等电点在6.93~9.35之间。启动子作用元件分析表明,13个PIN启动子上含有响应激素、生长发育和逆境相关的顺式作用元件,其中有8个PIN基因含有生长素响应作用元件,暗示他们可能参与生长素调控不定根形成。转录组分析显示,13个PIN家族成员中,有6个基因(MdPIN3、MdPIN4、MdPIN6、MdPIN7、MdPIN11和MdPIN12)在吲哚丁酸(IBA)处理下表达上调。进一步通过qRT-PC...
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关 键 词: | 苹果 PIN 全基因组鉴定 不定根形成 基因表达分析 |
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