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穿心莲茉莉酸甲酯及非生物胁迫下Real-time PCR内参基因的筛选
引用本文:李静宇,孙铭阳,徐世强,梅瑜,顾艳,周芳,孙伟,王继华.穿心莲茉莉酸甲酯及非生物胁迫下Real-time PCR内参基因的筛选[J].中国实验方剂学杂志,2022,28(5):133-140.
作者姓名:李静宇  孙铭阳  徐世强  梅瑜  顾艳  周芳  孙伟  王继华
作者单位:1.广东省农业科学院 作物研究所/广东省农作物遗传改良重点实验室,广州 510640;2.广东省道地南药资源保护与利用工程技术研究中心,广州 510640;3.中国中医科学院 中药研究所,北京 100700
基金项目:广东省农业科学院作物研究所广东省农作物遗传改良重点实验室开放研究基金项目(202101);广东省农业科学院科技创新战略专项资金(高水平农科院建设)-金颖之星项目(R2019PY-JX003);广东省重点领域研发计划项目(2020B020221001)
摘    要:目的 筛选合适的穿心莲茉莉酸甲酯(MeJA)和非生物胁迫下实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)检测的内参基因。方法 利用高温、干旱、紫外和MeJA处理的穿心莲转录组数据,挑选到7个候选内参基因肌动蛋白1(ACT1),肌动蛋白2(ACT2),转录延伸因子(EF-1α),甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH),微管蛋白(TUB),多聚泛素酶(UBQ)和18S核糖体RNA(18S),并以上述处理后的穿心莲叶片为实验材料,进行Real-time PCR验证。利用geNorm,NormFinder 和BestKeeper 3种内参稳定性评估软件进行分析,再利用Refinder软件进行综合分析。结果 3种软件基于不同指标进行稳定性评估,结果并不相同,综合分析得出候选内参基因在高温胁迫下表达稳定性顺序依次为UBQ>18S>EF-1α>ACT2>ACT1>GAPDH>TUB;干旱胁迫下表达稳定性顺序依次为ACT1>UBQ>EF-1α>18S>ACT2>GAPDH>TUB;UV胁迫下表达稳定性顺序依次为EF-1α>TUB>ACT2>UBQ>18S>GAPDH>ACT1MeJA胁迫下表达稳定性顺序依次为ACT1>EF-1α>UBQ>ACT2>18S>TUB>GAPDH。其中18S基因表达丰度较高,不适合作为内参基因。结合转录组数据对4种胁迫中穿心莲内酯合成相关基因酶羟甲基戊二酰-辅酶A合成酶(HMGS)的相对表达水平验证,发现合适内参基因的Real-time PCR结果更可靠。结论 穿心莲高温、干旱、紫外和MeJA胁迫时,UBQACT1和UBQEF-1αTUBACT1和EF-1α分别为最适内参基因组合,为后期开展穿心莲高温、干旱、紫外和MeJA处理中基因的功能调控和表达研究提供了参考。

关 键 词:穿心莲  内参基因  实时荧光定量聚合酶链式反应
收稿时间:2021/11/5 0:00:00

Screening of Reference Genes of Andrographis paniculata Under MeJA and Abiotic Stresses by Real-time Fluorescence-based Quantitative PCR
LI Jing-yu,SUN Ming-yang,XU Shi-qiang,MEI Yu,GU Yan,ZHOU Fang,SUN Wei,WANG Ji-hua.Screening of Reference Genes of Andrographis paniculata Under MeJA and Abiotic Stresses by Real-time Fluorescence-based Quantitative PCR[J].China Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2022,28(5):133-140.
Authors:LI Jing-yu  SUN Ming-yang  XU Shi-qiang  MEI Yu  GU Yan  ZHOU Fang  SUN Wei  WANG Ji-hua
Abstract:
Keywords:
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