| BioIndex：一种生物序列相似性查询的高效索引 |
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| 引用本文： | 邱伯仁,熊赟,朱扬勇.BioIndex：一种生物序列相似性查询的高效索引[J].计算机应用与软件,2009,26(10):1-4,18. |
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| 作者姓名： | 邱伯仁 熊赟 朱扬勇 |
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| 作者单位： | 复旦大学计算机与信息技术系,上海,200433 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目 |
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| 摘 要： | 有效管理生物数据并提供高效的查询方法是生物信息处理的重要研究内容.BioSeg是一个新的生物序列数据模型.查询优化研究是生物数据库管理系统开发的重要内容之一.研究当前生物数据索引技术,针对BioSeg数据模型的特点和生物序列相似性查询需求设计了一种新的生物序列数据索引BioIndex,并设计相应的查询算法.首先,使用MEME(Multiple EM for Moeif Elicitation)算法挖掘生物序列集中的序列模式作为索引建立索引序列库;之后,在索引序列库中查找与查询序列最相似的索引序列,将其对应的序列集作为候选集;再在候选集中查找与查询序列最相似的序列.在真实生物序列数据集上的实验表明使用新的生物序列数据索引BioIndex的序列查询算法提高了序列查询的效率.
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| 关 键 词： | 索引 生物序列 生物数据库 数据模型 查询优化 |
BIOINDEX:AN EFFICIENT INDEX FOR SIMILARITY QUERIES OF BIOLOGICAL SEQUENCES |
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| Qiu Boren,Xiong Yun,Zhu Yangyong.BIOINDEX:AN EFFICIENT INDEX FOR SIMILARITY QUERIES OF BIOLOGICAL SEQUENCES[J].Computer Applications and Software,2009,26(10):1-4,18. |
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| Authors: | Qiu Boren Xiong Yun Zhu Yangyong |
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| Affiliation: | Department of Computing and Information Technology;Fudan University;Shanghai 200433;China |
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| Abstract: | Managing biological data effectively and providing efficient query methods are the important researches in biological information processing.BioSeg is a novel biological sequence data model.The study of query optimization is an important part of the biological database management system development.This paper studies the current biological data index technology.Making use of the features of BioSeg data model,in this paper it designs a novel index of biological sequence data,BioIndex,to meet the demand of bi... |
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| Keywords: | Index Biological sequence Biological database Data model Query optimization |
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