| 鱼腥草转录组SSR位点信息分析及其多态性研究 |
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| 引用本文： | 黎晓英,刘胜贵,王丹,黄豪兰,龙强,蒋玉红,郭文博,魏麟.鱼腥草转录组SSR位点信息分析及其多态性研究[J].中草药,2016,47(10):1762-1767. |
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| 作者姓名： | 黎晓英 刘胜贵 王丹 黄豪兰 龙强 蒋玉红 郭文博 魏麟 |
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| 作者单位： | 怀化学院生命科学系 民族药用植物资源研究与利用湖南省重点实验室, 湘西药用植物与民族植物学湖南省高校重点实验室, 湖南 怀化 418008;怀化学院生命科学系 民族药用植物资源研究与利用湖南省重点实验室, 湘西药用植物与民族植物学湖南省高校重点实验室, 湖南 怀化 418008;怀化学院生命科学系 民族药用植物资源研究与利用湖南省重点实验室, 湘西药用植物与民族植物学湖南省高校重点实验室, 湖南 怀化 418008;怀化学院生命科学系 民族药用植物资源研究与利用湖南省重点实验室, 湘西药用植物与民族植物学湖南省高校重点实验室, 湖南 怀化 418008;怀化学院生命科学系 民族药用植物资源研究与利用湖南省重点实验室, 湘西药用植物与民族植物学湖南省高校重点实验室, 湖南 怀化 418008;怀化学院生命科学系 民族药用植物资源研究与利用湖南省重点实验室, 湘西药用植物与民族植物学湖南省高校重点实验室, 湖南 怀化 418008;怀化学院生命科学系 民族药用植物资源研究与利用湖南省重点实验室, 湘西药用植物与民族植物学湖南省高校重点实验室, 湖南 怀化 418008;怀化学院生命科学系 民族药用植物资源研究与利用湖南省重点实验室, 湘西药用植物与民族植物学湖南省高校重点实验室, 湖南 怀化 418008 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(30870230);湖南省科技计划项目(2013FJ6090,2014FJ4207);湖南省高校创新平台开放基金项目(15K100);湖南省生物类专业大学生创新训练中心及大学生创新项目资助 |
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| 摘 要： | 目的分析鱼腥草Houttuynia cordata转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为鱼腥草分子标记辅助育种提供有力工具。方法利用MISA工具筛选了鱼腥草转录组测序获得的63 954条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;在此基础上利用Primer 3设计SSR引物,并随机选择50对SSR引物对16株不同来源的鱼腥草进行多态性扩增分析。结果在鱼腥草的转录组中,共搜索到4 800个SSRs,分布于4 413条unigenes,SSR位点出现频率为7.51%。SSRs位点中三核苷酸重复是主要类型,占总SSRs的41.54%;其次是单核苷酸重复基序(占27.35%)。SSRs所包含的重复基元中,单核苷酸重复基元A/T是优势重复基元类型,占总SSRs的27.0%。利用Primer3共设计出3 068对SSR引物。随机选择50对引物进行PCR扩增,其中43对(86.0%)扩增出清晰、可重复的条带,且表现出多态性。利用UPGMA作图,将16个样品分为2类。结论鱼腥草转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建奠定基础。
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| 关 键 词： | 鱼腥草 转录组 SSR 信息 多态性 引物 |
| 收稿时间： | 2015/6/22 0:00:00 |
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