microRNA层面上癌症的公共机制 |
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引用本文: | 肖雪,李霞,张绍军.microRNA层面上癌症的公共机制[J].生物物理学报,2009,25(1):43-50. |
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作者姓名: | 肖雪 李霞 张绍军 |
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作者单位: | 1. 首都医科大学生物医学工程学院,北京 100069;
2. 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院,哈尔滨 150081 |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(30571034;30370798; 30871394),国家863项目(2007AA02Z329),973前期项目(2008CB517302); 2006年北京市新世纪百千万人才工程, 北京市教育委员会科技发展计划项目(KM200610025011) |
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摘 要: | microRNAs(miRNA)是一类内源性的非编码小RNA。已有研究表明miRNAs的靶基因中有不少癌症的相关基因。为了全面研究miRNA与癌症的关系,作者将19种癌症的相关基因集合分别富集到494个miRNAs靶基因集合上,得到各类癌症所富集的miRNAs。结果发现19种癌症仅集中地富集在144个miRNAs上,由此验证了癌症在miRNAs上的公共机制。在此基础上,作者对癌症富集较多的8个miRNAs做了进一步研究,结果发现这8个miRNAs均为高度保守的miRNAs,且它们的靶基因集合一致富集在基因本体论(gene ontology,GO)的基本生物学过程上,并与转录因子活性以及蛋白激酶活性相关。另一方面,在基于miRNA构建的癌症网络中,前列腺癌与乳腺癌,结肠癌与乳腺癌之间共享较多的miRNAs,表明了这些癌症在miRNA层面上存在密切的关系。
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关 键 词: | microRNA 癌症 富集分析 |
收稿时间: | 2008-11-06 |
Common Mechanism of Cancer at MicroRNA Level |
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Affiliation: | 1. Capital Medical University, Department of Biomedical Engineering, Beijing 100069, China;
2. Harbin Medical University, Department of Bioinformatics, Harbin 150081, China |
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Abstract: | |
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Keywords: | microRNA Cancer Enrichment analysis |
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