| ‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性分析 |
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| 引用本文： | 洪森荣,张牧彤,徐子林,张钦荣,罗雨欣,田文慧,王心雨.‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性分析[J].浙江农林大学学报,2024(1):92-103. |
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| 作者姓名： | 洪森荣 张牧彤 徐子林 张钦荣 罗雨欣 田文慧 王心雨 |
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| 作者单位： | 1. 上饶师范学院生命科学学院;2. 上饶农业技术创新研究院;3. 上饶师范学院上饶市药食同源植物资源保护与利用重点实验室;4. 上饶师范学院上饶市薯芋类作物种质保存与利用重点实验室 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(32060092,31960079)；;江西省教育厅科学技术研究项目(GJJ201704,GJJ211729)；;江西省现代农业产业技术体系建设专项(JXARS-13-赣东站)； |
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| 摘 要： | 【目的】分析‘怀玉山’高山马铃薯Solanum tuberosum var. cormosus ‘Huaiyushan’叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性，为开展‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组密码子优化、叶绿体基因组改造，探索物种进化和增加外源基因表达等研究提供参考依据和理论基础。【方法】采用高通量测序技术对‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组进行测序，并利用生物信息学分析软件对组装和注释后的叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性分析。【结果】‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组大小为155 296 bp，为经典的4段式结构。大单拷贝区(LSC)、小单拷贝区(SSC)和反向重复区(IR)长度分别为85 737、18 373、25 593 bp，总鸟嘌呤和胞嘧啶所占的比例(GC比例)为37.88%，共注释出133个基因，包含87个编码区(CDS)基因、37个tRNA基因、8个rRNA基因和1个假基因。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿体基因组中共检测到38个简单重复序列位点(SSR位点，36个单碱基重复和2个双碱基重复)和32个长重复序列(16个正向重复和16个回文重复)。‘怀玉山’高山马铃薯叶绿...
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| 关 键 词： | ‘怀玉山’高山马铃薯 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 最优密码子 系统发育分析 |
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