IBV疫苗株基因组3‘末端序列分析

以5株鸡传染性支气管炎病毒（IBV）疫苗株（D41、H120GD、H120SH、H52BJZH和H52GD株）和IBV标准强毒M41-E4株的基因组RNA为模板，利用RT-PCR技术，扩增出1条特异性条带，包括部分核衣壳蛋白（N）基因以及紧接着N基因下游的基因组3‘端非编码区（UTR）。测序结果表明，从D41、H120GD和H120SH株扩增的特异性片段长度为614bp；而从H52BJZH、H52GD和M41-E4株扩增的特异性片段长度为406bp。序列分析发现，被检的6株IBV毒株可分为两组，其中D41、H120GD和H120SH株为一组，核苷酸序列同源性为99.7%-99.8%；而H52BJZH、H52GD和M41-E4株构成另一组，其核苷酸序列同源性为99.3%-100%；两组之间的最大同源性仅为94.6%。在系统性发生进化树上，这两组分别位于不同的分支簇上，国内的H52BJZH、H52GD与国外的H52株不在同一分支簇上，相反却与国内强毒M41-E4株以及国外M41株在同一分支簇上。提示国内H52疫苗株与国外H52疫苗株不同，它们在亲缘关系上更靠近M41-E4株和M41株。