首页
|
官方网站
微博
|
高级检索
全部学科
医药、卫生
生物科学
工业技术
交通运输
航空、航天
环境科学、安全科学
自然科学总论
数理科学和化学
天文学、地球科学
农业科学
哲学、宗教
社会科学总论
政治、法律
军事
经济
历史、地理
语言、文字
文学
艺术
文化、科学、教育、体育
马列毛邓
全部专业
中文标题
英文标题
中文关键词
英文关键词
中文摘要
英文摘要
作者中文名
作者英文名
单位中文名
单位英文名
基金中文名
基金英文名
杂志中文名
杂志英文名
栏目中文名
栏目英文名
DOI
责任编辑
分类号
杂志ISSN号
基于加权基因共表达网络的膀胱尿路上皮癌预后及疗效相关基因筛选
引用本文:
李佳丽,曾梓航,刘嘉彬,张冉,李硕,孟详喻,李胜,李伟.基于加权基因共表达网络的膀胱尿路上皮癌预后及疗效相关基因筛选[J].转化医学杂志,2020,9(6):340-344.
作者姓名:
李佳丽
曾梓航
刘嘉彬
张冉
李硕
孟详喻
李胜
李伟
作者单位:
武汉大学第二临床学院;武汉大学中南医院泌尿外科;武汉大学中南医院泌尿外科;湖北省人类遗传资源保藏中心;湖北天门市第一人民医院肿瘤科
基金项目:
湖北省卫生计生科研基金(WJ2019H211)
摘 要:
目的构建加权基因共表达网络分析(weighed gene co-expression network analysis,WGCNA),鉴定出膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma,BLCA)中与预后及治疗效果相关的基因,并分析其在肿瘤相关通路中的活性。方法在癌症基因组图谱数据库获取膀胱尿路上皮癌的转录组测序及相应临床数据;选择年龄、性别、身高、体重、人种、生存时间、吸烟年数、治疗效果、病理分级、TNM分期及淋巴结浸润为临床表型进行加权基因共表达网络分析;利用R语言进行生存分析;利用GSCALite工具进行肿瘤相关的通路活性分析;利用基因表达汇编数据库中的GSE13507和GSE3167数据集进行验证。结果本研究鉴定出与预后及治疗效果均显著相关的基因模块及模块关键基因GPHN、CPSF2、PRMT5、EIF2S1、KLC1、SLC39A9、SRP54及CNIH,上述8个基因在肿瘤相关通路中有一定活性。结论GPHN、CPSF2、PRMT5、EIF2S1、KLC1、SLC39A9、SRP54及CNIH基因在BLCA中与预后及治疗效果均显著相关,并且参与了肿瘤相关通路,可能成为BLCA的生物标志物或潜在治疗靶点。
关 键 词:
膀胱尿路上皮癌
生物信息学
加权基因共表达网络
生物标志物
Screening of genes related to prognosis and therapeutic effect in bladder urothelial carcinoma based on weighted gene co-expression network analysis
Authors:
LI Jiali
ZENG Zihang
LIU Jiabin
ZHANG Ran
LI Shuo
MENG Xiangyu
LI Sheng
LI Wei
Abstract:
Keywords:
Bladder urothelial carcinoma (BLCA)
Bioinformatics
Weighed gene co-expression network analysis (WGCNA)
Biomarker
点击此处可从《转化医学杂志》浏览原始摘要信息
点击此处可从《转化医学杂志》下载全文
设为首页
|
免责声明
|
关于勤云
|
加入收藏
Copyright
©
北京勤云科技发展有限公司
京ICP备09084417号-23
京公网安备 11010802026262号