单效应汇总回归模型在多组学数据共定位分析中的应用 |
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引用本文: | 黄婷,刘晋成,李会琳,吴怡雯,郁尔,季锴,唐少文,赵杨,戴俊程,易洪刚.单效应汇总回归模型在多组学数据共定位分析中的应用[J].中华疾病控制杂志,2024(1):117-121. |
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作者姓名: | 黄婷 刘晋成 李会琳 吴怡雯 郁尔 季锴 唐少文 赵杨 戴俊程 易洪刚 |
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作者单位: | 1. 南京医科大学公共卫生学院生物统计学系;2. 南京医科大学公共卫生学院流行病学系;3. 南京医科大学生物医学大数据重点实验室,肿瘤个体化医学协同创新中心 |
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基金项目: | 国家自然科学基金(81941020); |
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摘 要: | 目的 探讨单效应汇总(sum of single effects, SuSiE)回归模型在多组学数据共定位分析中的应用。方法 以多组学模拟数据为例,介绍单效应汇总回归模型的基本原理和R软件分析。结果 SuSiE回归模型通过利用单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNPs)位点之间因连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)产生的相关性,允许在有多个因果变异的情况下,正确识别两个组学数据与表型相关的共定位点。结论 相对于传统方法,SuSiE回归模型拓展了单一因果变异假设这一适用条件,且计算效率较高,从而有助于利用多组学数据检测多个潜在与疾病相关联位点。
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关 键 词: | 多组学 共定位 近似贝叶斯因子 因果变异 |
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