| 基于序列和局部信息熵的蛋白质折叠速率预测模型 |
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| 引用本文： | 高建召,胡刚,王奎,沈世镒.基于序列和局部信息熵的蛋白质折叠速率预测模型[J].工程数学学报,2010,27(6). |
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| 作者姓名： | 高建召 胡刚 王奎 沈世镒 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，刘徽应用数学研究中心、天津大学、南开大学联合研究项目，天津市自然科学基金 |
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| 摘 要： | <正>确预测蛋白质折叠速率对理解蛋白质的折叠机制非常重要。本文从AAindex数据库中的531种残基物理化学性质、序列长度信息和局部结构信息熵中筛选特征,从而提出了一个基于蛋白质序列信息的线性回归模型。针对三种折叠机制two-state,multi-state和mixed-state,用Jackknife验证模型,预测的折叠速率和实验验证的折叠速率相关系数分别为0.790,0.829和0.778。本文结果表明四阶局部结构信息熵和折叠速率有很高的负相关性;蛋白质的长度和蛋白质的折叠速率成反比关系;螺旋的含量会加快蛋白质的折叠过程。对two-state蛋白质β折叠的含量会减慢蛋白质的折叠过程;和其他模型相比,我们提出的线性回归模型具有输入参数少,计算简单,平均绝对误差小的优点。
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| 关 键 词： | 蛋白质折叠速率 基因序列的预测方法 局部结构信息熵 线性回归 |
Prediction Model of the Protein Folding Rate Using Sequence Representation and Local Structural Entropy |
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| GAO Jian-zhao,HU Gang,WANG Kui,SHEN Shi-yi.Prediction Model of the Protein Folding Rate Using Sequence Representation and Local Structural Entropy[J].Chinese Journal of Engineering Mathematics,2010,27(6). |
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| Authors: | GAO Jian-zhao HU Gang WANG Kui SHEN Shi-yi |
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