乙肝病毒核心蛋白序列特征的生物信息学分析北大核心CSCD |
| |
引用本文: | 郝锐,刘仟仟,王璐,陆合,胡源,胡接力,黄爱龙,涂增.乙肝病毒核心蛋白序列特征的生物信息学分析北大核心CSCD[J].中国病原生物学杂志,2022(1):31-36. |
| |
作者姓名: | 郝锐 刘仟仟 王璐 陆合 胡源 胡接力 黄爱龙 涂增 |
| |
作者单位: | 1.重庆医科大学基础医学院病原生物学教研室400016;2.重庆医科大学感染性疾病分子生物学教育部重点实验室; |
| |
基金项目: | 重庆市科技局自然科学基金面上项目(No.cstc2021jcyj-msxmX0158);国家自然科学基金青年科学基金项目(No.81501751);重庆市博士后科学基金项目(No.Xm2014006)。 |
| |
摘 要: | 目的乙型肝炎病毒C基因编码的核心(HBc)蛋白抗原性强,也与持续性病毒感染有关。采用生物信息学方法分析HBc蛋白的结构和序列特征,有助于HBc蛋白的优化表达和纯化,并为乙肝患者的治疗以及疫苗的研制提供参考。方法乙肝病毒HBc序列的获取来源于NCBI网站GenBank数据库。运用Prot-Param和ProtScale工具在线预测乙肝病毒HBc的理化性质及其亲疏水性;通过在线软件SignalP 4.0Server和TMHMM分别分析该序列的信号肽特征,跨膜区域及磷酸化位点;利用SOPMA和SWISS-MODEL全自动在线软件预测其二级结构和三级结构模型;利用IEDB Analysis Resource,ABCpred和SYFPEITHI HLA-A;02:01预测该蛋白抗原表位,利用Venny2.1.0工具筛选该蛋白最佳表位形成位置等。结果HBc蛋白由212个氨基酸组成,分子式为C_(1086)H_(1710)N_(314)O_(300)S_(12),分子质量单位为24.35017ku,理论等电点为9.49。为不稳定亲水性蛋白质。该蛋白质具有信号肽,没有跨膜区域,具有40个潜在的磷酸化位点。预测其主要二级结构为α螺旋和无规卷曲,含量分别36.32%和41.04%。结合HBc蛋白序列的T、B细胞表面抗原、表面可及性、β转角、线性表位的预测结果,发现HBc蛋白具有T、B细胞抗原表位,并且存在4个潜在的优势抗原决定簇区域,分别为37-38、110、158-164、180-208位氨基酸。结论生物信息学方法预测HBc蛋白存在潜在的抗原表位区域,具有多个磷酸化位点。这有利于疫苗的研发与制备。
|
关 键 词: | 生物信息学 乙肝病毒核心蛋白 序列分析 |
本文献已被 维普 等数据库收录! |
|