NKChemSQL——针对MySQL的化学信息学扩展

化学数据库是进行化学信息学研究的重要资源,分子属性与指纹计算、分子结构格式转换、分子相似度匹配、精确匹配和子结构匹配以及分子结构图片导出等,都是必需的基本服务内容。应用广泛的数据库系统MySQL却缺乏这些功能,难以满足化学信息处理、网站开发等开发的需求。NKChemSQL是自行编制的MySQL扩展库,通过对开源软件OpenBabel的功能进行包装,以SQL语言的格式完成相应操作。NKChemSQL具有良好的运行表现,经过对含26万余条分子结构信息的NCI数据库进行的测试,全结构匹配只需不到1秒而子结构匹配达300个结构/秒,相似度匹配则达1万个结构/秒。NKChemSQL为开发化学信息学软件和网站提供了非常便利的新方式。