| 自噬基因APG4基因结构的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 陈英,彭心昭,朴英杰.自噬基因APG4基因结构的生物信息学分析[J].遗传学报,2001,28(11):1077-1084. |
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| 作者姓名： | 陈英 彭心昭 朴英杰 |
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| 作者单位： | 第一军医大学中心实验室 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助(批准号:39870382) |
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| 摘 要： | 利用生物信息学手段对一种与人类细胞凋亡有关的基因－自噬基因（Autophagy5,简称APG5）的基因组全序列进行拼接和基因结构分析，同时该基因的一个新的可变性剪切变异体（APG5β）被首次证实及报道，利用PCR技术从人胚脑cDNA文库和B细胞cDNA文库中调取APG5基因，装入绿色荧光蛋白pEGFP-C1表达载体，测序确定其核苷酸序列，进行数据库搜索。该基因组全序列分散在核酸序列数据库GenBank的几个没序列条目中，将相关克隆的基因组序列做相似性比对，用DOTPLOT方法确定其相互位置关系，并进行序列拼接，得到全长基因，利用GenScan,Genefinder等基因识别软件确定其内含子，外显子，转录起始位点，加尾信号等。分析其基因结构，在此基础上进一步分析其cDNA中外显子数目和排列顺序，证实了从B细胞cDNA文库中克隆所得的APG5为一种可变性剪切变异体。利用生物信息学工具，成功地接接出全长为150kb人类APG5基因基因组全序列，确定其有8个外显子。根据剪切位点的特性找出其在序列中的位置，分别计算出内含子，外显子的长度，首次证实并报道APG5β是第3外显子缺失的可变性剪切变异体，将验证确实的APG5β转染至人肝细胞株和HeLa细胞株，在共聚焦激光显微镜下可观察到其在细胞凋亡时的特异表达，在后基因组研究中生物信息学的应用有非常广阔的前景。对可变性剪切所产生的蛋白多样性分析提供了一种辅助分析手段。
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| 关 键 词： | 生物信息学 基因结构 可变性剪切 自噬基因 凋亡 APG5 |
| 文章编号： | 0379-4172(2001)11-1077-08 |
| 修稿时间： | 2001年2月23日 |
Bioinformatics Analysis of Autophagy 5 Gene Structure |
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| CHEN Ying,PENG Xin-Zhao,PIAO Ying-Jie.Bioinformatics Analysis of Autophagy 5 Gene Structure[J].Journal of Genetics and Genomics,2001,28(11):1077-1084. |
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| Authors: | CHEN Ying PENG Xin-Zhao PIAO Ying-Jie |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | bioinformatics gene alternative splicing autophagy ap optosisd and sequenced the cDNAs from fetal brain and B cell cDNA libraries using the known hAPG5 cDNA open reading frame sequences as primers The cDNA obtained from the human fetal brain |
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