| 鸡源大肠杆菌CRISPR特征及其与耐药性的关系 |
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| 引用本文： | 李 琳,赵 霞,王 磊,等.鸡源大肠杆菌CRISPR特征及其与耐药性的关系[J].西北农林科技大学学报(社会科学版),2018,46(5):30-36. |
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| 作者姓名： | 李 琳 赵 霞 王 磊 等 |
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| 作者单位： | 安徽农业大学动物科技学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(31772802)；安徽高样自然科学重点项目(KJ2017A132);安徽省优秀青年人才支持计划重点项目(gxyqZD2016041) |
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| 摘 要： | 【目的】研究鸡源大肠杆菌成簇间隔短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)与耐药性的关系,并对CRISPR进行生物信息学分析,为进一步研究CRISPR功能及其对细菌耐药的影响奠定基础。【方法】对从安徽省合肥地区养鸡场分离鉴定的130株鸡源大肠杆菌进行耐药性(16种抗菌药物)和CRISPR检测,分析CRISPR与鸡源大肠杆菌多重耐药的关系。挑选扩增出片段长度不同的12株大肠杆菌,对其CRISPR PCR产物进行测序,通过BLAST进行二级结构预测,用CRISPRTarget等对其重复序列和间隔序列进行生物信息学分析。【结果】130株鸡源大肠杆菌对16种抗菌药物的耐药率为2.3%~97.7%,118株大肠杆菌对3种及3种以上药物耐药;共有39株菌检测到CRISPR,阳性率为30%;CRISPR阳性菌株均为多重耐药菌株,其耐药率(100%)显著高于CRISPR阴性菌株(87%),CRISPR序列差异性与耐药性之间无直接相关性。CRISPR序列同源性较低的12株大肠杆菌均包含2条(11号菌除外)长度为29bp的重复序列,这些序列可分为5类,其RNA二级结构都能形成回文结构,但茎环大小有差异。从这12株大肠杆菌中共发现间隔序列168条,其中77条为新发现序列;同源性比对发现,在112条有比对结果的间隔序列中,72.3%来源于质粒,25.0%来源于噬菌体,2.7%来源于细菌和病毒。【结论】携带CRISPR的鸡源大肠杆菌广泛存在,CRISPR可能与大肠杆菌耐药表型相关,明确了CRISPR的结构特征。
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| 关 键 词： | 大肠杆菌 CRISPR 耐药性 重复序列 间隔序列 |
| 收稿时间： | 2017/2/23 0:00:00 |
Relationship of CRISPR in Escherichia coli isolates from chickens with drug resistance and its characteristics |
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| LI Lin,ZHAO Xia and WANG Lei,et al.Relationship of CRISPR in Escherichia coli isolates from chickens with drug resistance and its characteristics[J].Journal of Northwest Sci-Tech Univ of Agr and,2018,46(5):30-36. |
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| Authors: | LI Lin ZHAO Xia and WANG Lei |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Escherichia coli CRISPR drug resistance direct repeats spacers |
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