| HBV感染者肝细胞样本的关键基因和信号通路的生物信息学挖掘 |
| |
| 引用本文： | 李林芝,谢君,朱乃硕.HBV感染者肝细胞样本的关键基因和信号通路的生物信息学挖掘[J].生物信息学,2018,16(4):214-221. |
| |
| 作者姓名： | 李林芝 谢君 朱乃硕 |
| |
| 作者单位： | 遗传工程国家重点实验室 分子免疫学实验室复旦大学 生命科学学院,上海 200438,遗传工程国家重点实验室 分子免疫学实验室复旦大学 生命科学学院,上海 200438,遗传工程国家重点实验室 分子免疫学实验室复旦大学 生命科学学院,上海 200438 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金(No. 31370927). |
| |
| 摘 要： | 为探究乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)感染后肝细胞基因表达和信号通路的改变情况,从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载了HBV感染者肝细胞样本制作的基因表达谱数据集GSE83148,进行质量检测、数据标准化后筛选出差异表达基因,进一步做GO和KEGG富集分析以及基因网络相互作用分析,筛选关键基因和信号通路。从HBV感染样本中筛选出fold change≥2,p-value0. 05的上调差异表达基因44个,GO分析获得关键基因BAK1和TP63,差异表达基因网络互作获得5个位于枢纽位置的基因:NDUFS1、NDUFS2、COX7B、ATP5B、OPA1。KEGG分析获得关键信号通路有:乙型肝炎信号通路、病毒癌变信号通路、Fox O信号通路、PI3K-Akt信号通路。本研究筛选出的多数基因与线粒体和氧化呼吸链有关,造成这一现象的具体机制还需进一步探究。
|
| 关 键 词： | HBV 差异表达基因 关键基因 关键信号通路 |
| 收稿时间： | 2018/4/17 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2018/7/9 0:00:00 |
Identification of key genes and signaling pathways in HBV infected liver cell samples |
| |
| LI Linzhi,XIE Jun and ZHU Naishuo.Identification of key genes and signaling pathways in HBV infected liver cell samples[J].China Journal of Bioinformation,2018,16(4):214-221. |
| |
| Authors: | LI Linzhi XIE Jun and ZHU Naishuo |
| |
| Affiliation: | Lab of Molecular Immunology, State Key Lab of Genetic Engineering School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai 200438,China,Lab of Molecular Immunology, State Key Lab of Genetic Engineering School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai 200438,China and Lab of Molecular Immunology, State Key Lab of Genetic Engineering School of Life Sciences, Fudan University, Shanghai 200438,China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | HBV Differentially expressed genes Key genes Key signaling pathways |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《生物信息学》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《生物信息学》下载全文 |
|
