| 小叶杨GA20氧化酶基因的克隆、表达及单核苷酸多态性分析 |
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| 引用本文： | 卫尊征,郭琦,李百炼,张金凤,张德强.小叶杨GA20氧化酶基因的克隆、表达及单核苷酸多态性分析[J].林业科学,2009,45(4). |
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| 作者姓名： | 卫尊征 郭琦 李百炼 张金凤 张德强 |
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| 作者单位： | 1. 北京林业大学林木花卉遗传育种教育部重点实验室,北京,100083;北京林业大学林木育种国家工程实验室,北京,100083
2. 北京林业大学林木花卉遗传育种教育部重点实验室,北京,100083;北京林业大学林木育种国家工程实验室,北京,100083;北京林业大学林木育种国家工程实验室,北京,100083 |
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| 基金项目： | 教育部新世纪优秀人才支持计划专项基金，人事部留学回国人员优秀类专项基金，国家自然科学基金，教育部科学技术研究重大项目，全国百篇优秀博士论文专项基金，长江学者专项基金 |
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| 摘 要： | 利用RT-PCR方法,首次从小叶杨未成熟木质部cDNA中分离出PsGA20Ox cDNA全长及其基因组DNA,并进行测序和序列分析.结果表明:克隆的小叶杨PsGA20Ox cDNA片段总长为1 403 bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为1 155 bp,编码区可编码长度为385个从残基,所推导的蛋白质氨基酸序列与拟南芥和水稻GA20Ox蛋白的同源性分别为66.0%和57.0%.组织特异性RT-PCR结果显示,PsGA20Ox基因在杨树茎、叶片和顶端分生组织中均有表达,但其表达模式却不同:PsGA20Ox在成熟木质部中表达丰度最高,在未成熟木质部和嫩叶中表达丰度较高,在顶端分生组织中有少量表达,在形成层组织中表达丰度极低.在此基础上,组合利用MEGA4.0和DnaSP4.50.4软件对小叶杨36株基因型个体的PsGA20Ox基因组DNA序列进行比对和分析,检测到49个单核苷酸多态性(SNP)位点,频率为1/35 bp.其中,15个是常见SNPs,34个为罕见SNPs.在这些SNPs中,37个属于转换,12个属于颠换.在外显子区域,共检测到26个SNP位点,其中23个为同义突变,3个为错义突变.对PsGA20Ox基因内SNPs进行的连锁不平衡分析表明,随着核苷酸序列长度的增加,SNPs的连锁不平衡在基因内部就迅速衰退,因此,在小叶杨中,基于候选基因的连锁不平衡作图是可行的,而基于整个杨树基因组的连锁不平衡作图是不可行的,也是不必要的.
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| 关 键 词： | 小叶杨 赤霉素20氧化酶基因 组织特异性反转录PCR表达 单核苷酸多态性 |
Isolation,Expression and Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Analysis of GA20Ox Gene in Populus simonii |
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| Wei Zunzheng,Guo Qi,Li Bailian,Zhang Jinfeng,Zhang Deqiang.Isolation,Expression and Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Analysis of GA20Ox Gene in Populus simonii[J].Scientia Silvae Sinicae,2009,45(4). |
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| Authors: | Wei Zunzheng Guo Qi Li Bailian Zhang Jinfeng Zhang Deqiang |
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| Affiliation: | 1.Key Laboratory of Genetics and Breeding in Forest Trees and Ornamental Plants of Ministry of Education;Beijing Forestry University Beijing 100083;2.National Engineering Laboratory of Forest Tree Breeding;3.Department of Forestry;North Carolina State University North Carolina State27695-8203 |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Populus simonii GA20 Oxidase tissue differential expression with RT-PCR single nucleotide polymorphisms |
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