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辣椒PPO基因家族密码子偏好性分析
引用本文:谢雪果,张中荣,吕慧,王世宁,袁雷,吉雪花.辣椒PPO基因家族密码子偏好性分析[J].北方园艺,2022(7):1-8.
作者姓名:谢雪果  张中荣  吕慧  王世宁  袁雷  吉雪花
作者单位:石河子大学农学院特色果蔬生理与种质资源利用兵团重点实验室
基金项目:国家自然科学基金资助项目(32060676,31860548);
摘    要:以辣椒多酚氧化酶家族(PPOs)为研究对象,利用CUSP、CHIPS及CodonW 1.4.4等软件对辣椒PPO基因9个密码子进行分析,研究了辣椒PPOs密码子偏好性特征,以期为辣椒PPO基因家族密码使用模式和分子进化及功能提供参考依据。结果表明:辣椒PPO家族基因偏好性较弱,偏好以A或U(T)结尾的密码子,其中存在28个高频密码子(RSCU>1),4个偏好性较强密码子(RSCU>1.6)和1个偏好性最强密码子(RSCU>2)。聚类结果显示,基于CDS序列聚类效果更好;CaPPO1单独聚为一类,其余8个基因较为接近。相关性分析表明PPO家族基因密码子的偏好性主要影响因素是密码子第3位碱基GC含量(GC3s)。此外,GC、C3s也存在一定的影响。ENC图、中性绘图结果表明自然选择对PPO家族基因密码子偏好性的影响更大。

关 键 词:辣椒  PPO基因家族  密码子偏好性  相关分析
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