| 海洋沉积物氨氧化菌群落结构的测序分析 |
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| 引用本文： | 贺 惠,陈阳阳,王勋功,甄 毓,米铁柱,于志刚,李 迎.海洋沉积物氨氧化菌群落结构的测序分析[J].海洋科学,2018,42(8):22-29. |
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| 作者姓名： | 贺 惠 陈阳阳 王勋功 甄 毓 米铁柱 于志刚 李 迎 |
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| 作者单位： | 中国海洋大学 海洋生命学院；青岛海洋科学与技术国家实验室 海洋生态与环境科学功能实验室‘海洋环境与生态教育部重点实验室,青岛海洋科学与技术国家实验室 海洋生态与环境科学功能实验室；海洋环境与生态教育部重点实验室；中国海洋大学 环境科学与工程学院,青岛海洋科学与技术国家实验室 海洋生态与环境科学功能实验室；海洋环境与生态教育部重点实验室；中国海洋大学 环境科学与工程学院,青岛海洋科学与技术国家实验室 海洋生态与环境科学功能实验室；海洋环境与生态教育部重点实验室；中国海洋大学 环境科学与工程学院,青岛海洋科学与技术国家实验室 海洋生态与环境科学功能实验室；海洋环境与生态教育部重点实验室；中国海洋大学 环境科学与工程学院,青岛海洋科学与技术国家实验室 海洋生态与环境科学功能实验室；海洋化学理论与工程技术教育部重点实验室,青岛海洋科学与技术国家实验室 海洋生态与环境科学功能实验室；海洋环境与生态教育部重点实验室；中国海洋大学 环境科学与工程学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(41521064, 41620104001); 中国科学院海洋生态与环境科学重点实验室、青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学开放课题(KLMEES201601) |
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| 摘 要： | 本文以氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)特征基因氨单加氧酶(ammonia monooxygenase,AMO)α亚基基因(amoA)为目标基因(～491bp),分别采用克隆文库、454高通量测序和illumina测序技术对其群落结构进行了比较研究。结果表明, 454高通量测序和illumina测序技术得到的菌群多样性及丰富度均高于克隆文库技术。在菌群组成方面,虽然3种测序技术检测到的优势类群均为亚硝化螺菌,但在菌群丰度方面存在差异。3种测序技术中,克隆文库技术在很大程度上可能高估物种丰度,且对部分低丰度类群的检测能力有限;illumina单端测序由于其测序片段较短,可能存在物种注释错误、不能准确区分各物种间序列差异等问题;比较而言, 454高通量测序技术能较为全面和准确地反映海洋沉积物中AOB的菌群结构特征。
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| 关 键 词： | 氨氧化细菌 454高通量测序技术 illumina测序技术 克隆文库 沉积物 |
| 收稿时间： | 2017/12/15 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2018/7/23 0:00:00 |
Analysis of ammonia-oxidizing bacteria community structure in marine sediments using different sequencing technologies |
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| HE Hui,CHEN Yang-yang,WANG Xun-gong,ZHEN Yu,MI Tie-zhu,YU Zhi-gang and LI Ying.Analysis of ammonia-oxidizing bacteria community structure in marine sediments using different sequencing technologies[J].Marine Sciences,2018,42(8):22-29. |
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| Authors: | HE Hui CHEN Yang-yang WANG Xun-gong ZHEN Yu MI Tie-zhu YU Zhi-gang and LI Ying |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | ammonia-oxidizing bacteria pyrosequencing illumina sequencing clone library sediment |
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