U251和U87细胞的Ezrin蛋白生物信息学分析

目的 应用生物信息学方法分析Ezrin蛋白的功能、结构域,探讨胶质瘤细胞U251和U87浸润性生长的机制.方法 Transwell检测U251和U87细胞的迁移侵袭能力.RT-PCR钓取U251和U87细胞Ezrin基因,TA克隆后测序.应用Basic Local Alignment Search Tool(nucleotide blast及blastx)分析Ezrin基因与GenBank登录的Ezin的相似性及氨基酸变异,EBI＞ Tools＞ Protein,SWISS-MODEL,SWISS-PDB Viewer分析Ezrin蛋白功能、结构域并建模观察其空间结构及变异氨基酸的位置.结果 Transwell检测结果显示穿过膜底面的U87细胞为(35.5±6.89)个,明显高于U251细胞(13.3±3.01)个](P＜0.001).RT-PCR扩增产物为l 700 bp,与Ezrin基因的大小相符,TA克隆后XhoⅠ和EcoRⅠ双酶切选取阻性质粒测序.分析显示,U251和U87细胞Ezrin基因序列与GenBank登陆序列的相似性为99％,U251细胞Ezrin基因序列中有一个位点突变,U87细胞有5个位点；U251细胞Ezrin蛋白第407位氨基酸变异,U87细胞Ezrin蛋白第66、258、265和577位变异.EBI＞Tools＞ Protein在线分析Ezrin蛋白功能,与U251细胞Ezrin匹配的蛋白有362个,与U87细胞Ezrin匹配的蛋白却有1 503个；Ezrin的结构分析显示,蛋白质结构数据库PDB中U87细胞Ezrin的数量多于U251细胞,而蛋白质结构等级分类显示的结构域的结构分级和分层分级相同；U87细胞Ezrin的结构域有45个,而U251细胞的Ezrin只有5个.SWISS-MODEL分析,U87细胞Ezrin的3D空间结构有8处与U251细胞的不同,QMEAN4评分UJ87细胞Ezrin低于U251细胞.SWISS-PDB Viewer显示U87细胞Ezrin第258、265位氨基酸相对位于空间结构的内侧.结论 胶质瘤细胞U87的迁移浸润能力强于U251.U87细胞和U251细胞Ezrin基因序列与GenBank登录的相似性达99％,U87细胞Ezrin氨基酸变异多于U251细胞,导致其功能、结构域及空间结构不同.Ezrin蛋白影响U87、U251细胞的迁移和浸润.