| 基于生物信息学的胆囊癌差异表达谱中关键蛋白调控基因分析 |
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| 引用本文： | 韩伟光,莘玮,苏水霞,王青.基于生物信息学的胆囊癌差异表达谱中关键蛋白调控基因分析[J].中国普通外科杂志,2021,30(2):165-172. |
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| 作者姓名： | 韩伟光 莘玮 苏水霞 王青 |
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| 作者单位： | （空军军医大学第二附属医院 普通外科，陕西 西安 710038） |
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| 摘 要： | 背景与目的：胆囊癌（GBC）的机制发生目前仍不清楚，基因组与转录组层面的数据为研究GBC的分子生物学机制提供了基础数据资源。本研究运用生物信息学手段分析GBC组织和胆囊正常组织的差异表达基因以及GBC关键蛋白调控分子，从而探讨GBC发生的潜在分子生物学机制。
方法：基于GEO数据库中两个GBC转录组数据集筛选差异表达基因，并对这些基因进行GO三种类型功能注释。利用STRING数据库构建蛋白质互作网络，并进行模块挖掘寻找关键蛋白调控基因。评估关键蛋白调控基因的表达及预测效能。
结果：共筛选到140个可重复GBC差异表达基因（上调基因20个，下调基因120个），主要与前脑发育和神经发生的正调控通路密切相关，参与突触后膜和横小管组成。同时发现SFRP1这一关键调控蛋白基因在预测GBC的发生中具有一定作用。
结论：本研究获得的GBC转录谱表达的信息可为GBC分子机制的研究提供框架和脉络，关键蛋白调控基因SFRP1可能在GBC的发生与发展中发挥关键生物学作用。
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| 关 键 词： | 胆囊肿瘤 基因表达谱 蛋白质相互作用图 计算生物学 |
| 收稿时间： | 2020/12/5 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2021/1/23 0:00:00 |
Analysis of key protein regulatory genes in differential expression profile of gallbladder cancer based on bioinformatics approaches |
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| HAN Weiguang,XIN Wei,SU Shuixi,WANG Qing.Analysis of key protein regulatory genes in differential expression profile of gallbladder cancer based on bioinformatics approaches[J].Chinese Journal of General Surgery,2021,30(2):165-172. |
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| Authors: | HAN Weiguang XIN Wei SU Shuixi WANG Qing |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Gallbladder Neoplasms Gene Expression Profiling Protein Interaction Maps Computational Biology |
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