基于网络药理学和分子对接法探索复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的潜在分子机制

目的 通过网络药理学及分子对接技术探寻复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制。方法 应用TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库及文献收集复方一枝蒿颗粒活性成分及潜在靶点。通过TTD、GeneCards和OMMI数据库检索新型冠状病毒肺炎相关的靶点。将复方一枝蒿颗粒药物靶点和新型冠状病毒肺炎相关基因取交集，使用String数据库构建靶蛋白相互作用（PPI）网络。通过Cytoscape构建“药物–活性成分–靶点基因–疾病”网络。对交集靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。利用Autodock_vina软件对活性成分和靶点进行分子对接。结果 共筛选92个活性成分，1 627个靶点，新型冠状病毒肺炎疾病靶点464个，两者取交集筛选出87个潜在靶点。GO功能富集得到2 040个条目（P＜0.05），与病毒过程、参与共生相互作用的生物过程、活性氧代谢过程的调节、与宿主相互作用的生物过程、病毒生命周期、炎症反应的调节等生物学过程有关。KEGG通路分析共得到150条通路，与新冠肺炎密切相关的有人巨细胞病毒感染、结核、COVID-19、IL-17信号通路等。分子对接结果证实，筛选的靶点受体蛋白与活性成分可以较好地结合。结论 复方一枝蒿颗粒可通过多组分、多靶点和多途径的方式对新型冠状病毒肺炎产生治疗作用。     

基于网络药理学和实验验证探讨香菇多糖抑制三阴乳腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学研究香菇多糖抑制三阴乳腺癌（TNBC）的作用机制并采用细胞和动物实验进行验证。方法 通过GeneCards数据库和DisGeNET数据库筛选与TNBC相关基因靶点，利用TCMID、PubChem、SwissTargetPrediction和GeneCards数据库查询香菇多糖相关基因靶点。使用Sangerbox软件进行基因本体论（GO）富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结合STRING数据库与Cytoscape 3.7.0软件将共同靶点进行可视化处理，筛选核心靶点，构建"化合物-靶点-通路"网络。利用Metascape软件进行转录因子及相关调控基因特异富集。体外培养小鼠TNBC细胞4T1和人TNBC细胞MDA-MB-231，磺酰罗丹明B染色法观察香菇多糖（31.25、62.5、125、250、500、1 000μg·mL^-1）对细胞存活率的影响；健康雌性BABLC小鼠sc接种1×10⁶个4T1-Luc细胞构建TNBC模型，通过小动物活体成像系统观察香菇多糖（100、200 mg·kg^-1）对肿瘤生长的影响，实时荧光定量PCR （qRT-PCR）技术检测肿瘤组织信号转导和转录活化因子3（STAT3）和血管内皮生长因子A （VEGFA） mRNA表达。结果 数据库及软件分析得到香菇多糖治疗TNBC关键靶点52个，靶点主要涉及PI3K-Akt、AGE-RAGE、HIF-1、MAPK信号通路和肿瘤蛋白多糖相关通路，PPI分析得到VEGFA、STAT3、MAPK1、IL2、TNF、RELA、AKT1、MAPK3、BCL2L1和HSP90AA1 10个hub基因。与对照组比较，香菇多糖对4T1和MDA-MB-231细胞存活率均有显著抑制作用（P<0.05、0.01），且作用呈浓度相关性；在给药14、21d后，与模型组比较，香菇多糖能够剂量相关性地抑制小鼠TNBC肿瘤的生长，高剂量组差异显著（P<0.05、0.01），21 d抑制率达到（91.9±4.7）%；与对照组比较，香菇多糖给药后能够剂量相关性抑制STAT3和VEGFA的mRNA表达，高剂量组差异显著（P<0.05、0.01）。结论 香菇多糖可通过多靶点、多途径协同作用抑制TNBC的生长。     

液质联用技术联合网络药理学探讨白鲜皮治疗湿疹的作用机制＊

目的 采用液质联用技术分析白鲜皮中的主要化学成分；基于网络药理学技术研究白鲜皮治疗皮肤湿疹的活性成分、作用靶点及作用机制。方法 利用液质联用技术（LC-MS）对白鲜皮主要成分进行分析，通过质谱数据结合文献资料，对各主要成分进行快速识别；通过利用SwissADME数据库对白鲜皮潜在活性成分进行预测，筛选主要作用靶点。进行KEGG通路富集分析，最终得到白鲜皮成分-靶点-疾病-通路网络图。采用分子对接技术对主要成分和作用靶点进行验证。结果 从白鲜皮中共分析鉴定了12种成分，进一步筛选得到4种潜在活性成分，可作用于48个关键靶点和14条主要通路。结论 采用LC-MS技术结合网络药理学方法，可以快速分析白鲜皮的潜在活性成分，并初步揭示了成分-靶点-通路之间的关系。通过分子对接技术可以做作用靶点进行验证。     

基于网络药理学和实验验证研究柴胡疏肝散治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制＊

目的 通过网络药理学的方法进行预测，再深一步进行动物实验验证来研究柴胡疏肝散治疗CAG的作用机制。方法 首先在TCMSP数据库中检索柴胡疏肝散的所有活性成分与药物靶点；通过收集PharmGkb、OMIM、GeneCards和DrugBank数据库中收录的慢性萎缩性胃炎的相关靶点。将药物靶点与疾病靶点进行映射筛选出交集靶点，将得到的交集靶点构建PPI网络与活性成分-共同靶点网络，并对其进行GO和KEGG富集分析。最后利用Vina软件进行分子对接实验验证，并通过免疫印迹法验证柴胡疏肝散对两种受体蛋白EGFR和STAT1的影响。结果 最终筛选得到柴胡疏肝散活性成分104个，潜在靶点238个，与慢性萎缩性胃炎的交集靶点52个；GO与KEGG富集分析分别得到2166条目和148条目，主要涉及到JAK-STAT信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路等；分子对接结果显示EGFR、STAT1两个靶点能够与核心活性成分能够自发结合成较为稳定的构像；免疫印迹法实验证明柴胡疏肝散能够降低大鼠胃黏膜组织EGFR和STAT1蛋白表达。结论 通过网络药理学和实验验证，发现柴胡疏肝散可能通过调节EGFR和STAT1蛋白表达来共同调控胃黏膜细胞增殖与凋亡，进而发挥着治疗慢性萎缩性胃炎的效果，为深入进行柴胡疏肝散治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制研究提供新思路和新方法。     

基于网络药理学与分子对接技术的石菖蒲治疗癫痫作用机制研究＊

目的 利用网络药理学和分子对接技术研究石菖蒲抗癫痫的有效成分及作用机制。方法 运用中药系统药理数据库及分析平台检索石菖蒲有效成分及主要靶点，通过GeneCards数据库收集癫痫疾病的相关潜在作用靶点，运用Cytoscape.3.7.1和 String绘制石菖蒲-癫痫靶点互作关系图，运用Metascape数据库进行GO和KEGG信号通路富集分析。运用AutoDock Vina 1.1.2软件对石菖蒲主要有效成分与癫痫相关靶标进行分子对接验证；通过构建戊四唑诱导的癫痫模型初步评价石菖蒲提取物及潜在有效成分的抗癫痫作用。结果 由 TCMSP 筛选得到4个有效成分及76个主要靶点。癫痫疾病以“Score”大于1.5分进行筛选得到3685个靶标。GO富集分析得到BP条目10个，细胞CC条目9个，MF条目10个（P<0.01），主要涉及核受体活性、离子通道活性、激素结合、神经递质受体活性、蛋白激酶活性、钙调蛋白结合等。KEGG 富集得到14条通路，主要涉及c型凝集素受体信号通路、雌激素信号通路、Ca²⁺信号通路、逆行内源性大麻素信号通路等。分子对接结果显示，桉脂素、山奈酚和8-异戊烯基山奈酚与癫痫关键靶标GABRA2、PPARG等具有良好的结合活性。动物实验结果表明，石菖蒲水提取物及主要潜在有效成分桉脂素和山奈酚在PTZ致小鼠癫痫模型上显示出较好的抗癫痫活性。结论 本研究通过动物实验验证了石菖蒲提取物和潜在有效成分的抗癫痫活性，并且运用网络药理学和分子对接技术探讨了其抗癫痫作用机制，发现石菖蒲可通过多个成分如桉脂素、山奈酚、8-异戊烯基山奈酚，多靶点如GABA_A、PPARG等，多条通路如雌激素信号通路、钙信号通路对机体产生协调效应从而抑制癫痫的发作。该研究提示石菖蒲治疗癫痫具有多成分、多靶点、多通路特点，为石菖蒲的进一步研究提供数据支撑。     

基于系统药理学分析野生真菌硬皮马勃治疗肿瘤多层次作用机制＊

目的 鉴定当地民间应用普遍的野生药用真菌，并探讨其治疗肿瘤的作用机制。方法 采用形态学和分子生物学方法对一株采自定陶仿山野生药用真菌进行鉴定，确定为硬皮马勃。通过文献检索收集硬皮马勃化学成分，利用PubChem软件和TCMSP、GCS数据库得到化学成分结构信息及其药用动力学参数和相关靶点分析，通过SysDT和WES系统鉴定潜在化学成分靶点，利用CTD数据库获得靶点功能，将潜在化合物和肿瘤相关靶点导入Cytoscape3.8.0软件构建分子-靶标网络。应用DAVID数据库对肿瘤相关靶点进行GO和KEGG富集分析，揭示有关活性成分靶点所涉及的生物学过程和通路，将肿瘤相关靶点和通路导入Cytoscape3.8.0软件构建靶点-通路网络。结果 从文献中获得硬皮马勃的化学成分59个，通过ADME计算系统筛选出5个潜在活性的化合物即活性成分，预测到38个靶点，其中与肿瘤相关靶点16个。这些活性成分主要通过Toll-like receptor、PI3K-AKT、MAPK和NF-kappa B等通路参与免疫应答，抑制肿瘤细胞生长、增殖，促进其凋亡。结论 表明硬皮马勃治疗肿瘤具有多靶点、多途径协同作用的特点，并通过多层次效应达到治疗肿瘤的效果。本研究为更好理解硬皮马勃作用肿瘤的机制和肿瘤药物开发提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌患者骨质疏松的机制及实验验证＊

目的 运用网络药理学和分子对接的方法研究益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌骨质疏松症的作用机制。方法 通过中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）和中医综合数据库（TCMID）获取益肾健骨方的活性成分和靶点，以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为阈值进行潜在活性成分筛选。通过药物靶标数据库（TTD）、药物数据库（DrugBank）、疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGenet）数据库收集疾病靶点，筛选出与益肾健骨方的交集靶点。运用Cytoscape3.7.2构建疾病-化合物-靶点网络，蛋白相互作用网络（PPI）。采用Metascape进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析，通过分子对接将关键靶点和潜在靶点与活性成分的相互作用进行验证。结果 益肾健骨方中共筛选到药代动力学较好的活性成分β-谷甾醇、谷甾醇、豆甾醇、槲皮苷、山柰酚等113种，得到GO富集条目（P<0.05）1048条，KEGG通路富集得到84条信号通路（P<0.05）。分子对接结果显示槲皮苷与核心靶点和潜在靶点结合稳定，涉及肿瘤通路、人乳头瘤病毒感染通路、PI3K-Akt信号通路等。大鼠体内实验验证益肾健骨方可以增加骨小梁密度及骨组织胶原溶剂比，改善大鼠骨质疏松状态。结论 益肾健骨方可能通过多靶点、多通路治疗乳腺癌绝经后骨质疏松症。     

基于网络药理学及分子对接技术研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要活性成分和潜在的分子作用机制。方法 从TCMSP数据库中获取人参、陈皮的活性成分和潜在靶点，疾病靶点利用DrugBank、TTD、GeneCards数据库获取。“药物-化合物-靶点”互作网络可视化由Cytoscape3.6.1软件完成。通过绘制韦恩图得到人参、陈皮和COPD的共有靶点，运用Cytoscape平台获取共有靶点相互作用关系。通过DAVID数据库对共有靶点进行GO、KEGG富集分析。活性成分和关键靶点的分子对接由autodock vina实现，并采用体外抗炎活性实验进行验证。结果 从人参和陈皮中共筛选得到27个活性成分，800个疾病靶点，药物和疾病共有靶点70个。GO功能富集分析得到GO条目213个（P<0.01），KEGG通路富集筛选得到99条信号通路（P<0.01）。分子对接结果显示，甾醇类成分和黄酮类成分与关键靶点有较高的结合性。体外抗炎活性验证结果表明，川陈皮素、山奈酚、柚皮素、人参皂苷rh2能够减少炎症因子的分泌。结论 人参-陈皮配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果。     

基于网络药理学研究黄连解毒汤抗幽门螺杆菌感染作用机制

目的运用网络药理学方法预测黄连解毒汤抗Hp感染的主要有效成分、靶点及信号通路,挖掘其潜在作用机制,为后续实验研究提供依据。方法应用TCMSP筛选黄连解毒汤中黄连、黄芩、黄柏、栀子4味中药的主要有效成分及其潜在作用靶点。通过GeneCards数据库和人类孟德尔遗传数据库(OMIM)筛选Hp感染相关靶点,并取药物和疾病的交集靶点。将交集靶点导入Cytoscape 3.7.2构建有效成分和Hp感染相关靶点网络,并进行拓扑学分析。应用STRING在线分析平台构建靶蛋白相互作用(PPI)网络并进行分析。运用R语言在线检索Bioconductor平台对靶点进行GO功能富集;通过DAVID数据库对靶点进行KEGG通路富集分析。结果黄连解毒汤中共筛选出85个有效成分,主要包括槲皮素、小檗碱、山柰酚、汉黄芩素、黄芩素等。对应靶点112个,疾病相关靶点1960个,药物疾病共同靶点71个。网络中度值最高的有效成分为槲皮素,度值最高的靶点为环加氧酶1(PTGS1)。PPI网络中69个节点中度值较高的靶蛋白包括半胱氨酸蛋白酶3(CASP3)、IL6、MAPK8、原癌基因(MYC)、VEGFA、表皮生长因子受体(EGFR)等。GO功能富集分析共获得89个条目,KEGG通路富集分析共筛选12条存在显著差异的信号通路,其中发挥主要作用的有癌症通路、ErbB信号通路、p53信号通路、凋亡、黏附斑等。结论黄连解毒汤可通过多成分、多靶点、多通路发挥对Hp的治疗作用,可通过抗肿瘤机制调控胃癌进程,本研究可为其有效成分研究和抗Hp机制研究提供依据。     

基于网络药理学探讨甘松干预心律失常的作用机制

目的:借助网络药理学方法预测并筛选甘松干预心律失常的重要成分及其作用靶点,探讨甘松对心律失常可能的干预机制。方法:从BATMAN-TCM、ETCM、TCMSP数据库获取甘松化学成分,取交集成分作为甘松重要成分;采用BATMAN-TCM对甘松重要成分进行靶点预测。检索TTD和GeneCards数据库中心律失常疾病相关靶点,将甘松重要成分对应的预测靶点映射到疾病靶点中,利用STRING进行蛋白相互作用(PPI)分析,采用Cytoscape软件构建重要成分-预测靶点网络,借助FunRich软件进行基因富集分析,采用KEGG数据库进行通路分析。结果:获得甘松108个成分,其中重要成分9个,预测靶点198个,甘松治疗心律失常疾病靶点4个,拓展关键靶点蛋白14个。涉及通路包括过氧化酶、心肌细胞肾素能信号、FoxO信号通路、cGMP-PKG信号通路、Rap1信号通路、cAMP信号通路等。结论:对甘松的重要成分和关键作用靶蛋白进行了初步筛选和生物信息学验证,其准确性仍待后续实验验证。