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1.
基于闭环DNA模型的八皇后问题算法   总被引:12,自引:1,他引:11  
给出了闭环DNA计算模型及其基本生化实验,提出了基于闭环DNA的求解八皇后问题全部可行解的DNA算法,分析了算法的实现步骤及其实现方式并得到了全部的可行解。最后讨论了算法的复杂性。  相似文献
2.
DNA计算机中队列数据结构的设计及实现   总被引:9,自引:0,他引:9  
提出了DNA计算机中队列数据结构的设计方法,该方法利用两种不同的限制性内切酶完成队列的入队和出队操作,并给出了队列的DNA编码和仿真实例.首先给出了DNA计算机中队列存储结构的形式描述;然后详细给出了DNA计算机中队列初始化、入队和出队等操作的生物实现方法;最后给出了一个具体算法的实例,仿真了DNA计算机上该算法的运行机制.仿真结果表明文中提出的队列的设计方法在DNA计算机上切实可行.这种方法可推广到DNA计算机上其他类型的数据结构,帮助DNA计算机合理、有效地组织需要处理的信息,从而使DNA计算机走向实际应用.  相似文献
3.
DNA编码限制条件与编码策略   总被引:1,自引:1,他引:0       下载免费PDF全文
以评价DNA编码的基本限制条件之一——Hamming距离为出发点分析了DNA编码的三个参量:码字个数、码字长度与Watson-Crick Hamming距离,并得到它们之间的内在联系;讨论了Watson-Crick Hamming距离与DNA码字重量之间的关系;在此基础上得到了DNA编码的编码策略;提出了适合DNA编码的改进Watson-Crick Hamming距离及DNA编码模块化的定义,对DNA编码的优化做出了详细分析,为DNA计算的发展注入了活力。  相似文献
4.
DNA计算中编码序列的过滤函数研究   总被引:1,自引:1,他引:0       下载免费PDF全文
构造了用于DNA编码序列过滤的函数,并给出了DNA序列编码的算法,采用该文设计的过滤函数和算法所得到的DNA编码序列,能够满足一定的组合约束条件,并满足一定热力学条件,大大提高了DNA编码字的质量,有利于提高DNA计算的可靠性。  相似文献
5.
基于部分字的DNA编码设计与分析*   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
DNA编码问题是DNA计算中的第一步也是最重要的一步,是DNA计算中的一个基本问题。引入部分字与其洞的定义,研究了部分字的洞与沃森—克里克汉明距离的内在联系,得到沃森—克里克汉明距离与DNA编码的关系;通过分析不完全匹配部分字中洞的出现位置,对发生错误匹配的DNA码进行了优化。解决了DNA编码中除去洞分散分布在DNA双链中的不完全匹配问题,有效弥补了杂交过程中出现的假阳性的缺陷,为DNA编码的研究注入了活力。  相似文献
6.
DNA编码问题及其复杂性研究*   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
高质量的DNA编码可以避免DNA分子间的非特异性杂交,提高DNA计算的有效性和可靠性。首先对DNA编码的约束条件进行归类,分析了各编码约束对编码质量的影响;然后研究了编码质量、编码数量、序列长度与DNA计算可靠性、有效性、可扩充性之间的关系;最后通过类比DNA编码问题和图的独立集问题,说明了求解最大DNA序列集合问题是NP完全的。  相似文献
7.
一种基于DNA计算机的堆栈存储结构   总被引:1,自引:0,他引:1  
DNA计算机要走向实际应用,需要合理的数据结构来有效组织信息。堆栈是典型的数据结构,因此,研究它在DNA计算机中的存储结构具有重要价值。在参考已有研究成果的基础上,结合生物操作和生物酶的特性,提出堆栈在DNA计算机中存储结构的设计方法,并阐述堆栈DNA编码的约束规则。通过实例分析,验证该种堆栈存储结构设计具有可行性。  相似文献
8.
提出了基于DNA下推自动机二进制减法和乘法的实现方法.一位二进制借位减法,是通过预先构造好的DNA下推自动机模型在一个试管中以该模型的运行方式自动完成运算.m位二进制借位减法,是在一位二进制减法的基础上,按照从低位到高位的顺序,将低位产生的借位作为高位试管操作巾的输入符号串,从而完成高位的减法运算.两位二进制乘法中包含移位和加法操作,在两个试管中分别设计好DNA下推自动机模型,分别完成被乘数与乘数各位的移位操作,同时结合相应的生物操作,将其作为另一个试管加法操作中的输入符号串,则加法操作中产牛的结果即为所求.在此基础上,m位二进制乘法可通过移位操作的并行性和加法操作的串行性来完成运算.这些实现方法为DNA下推自动机实现基本的算术运算提供了比较完整的运算机制.  相似文献
9.
决策树是归纳学习和数据挖掘的重要方法,主要用于分类和预测。文章引入了广义决策树的概念,实现了分类规则集和决策树结构的统一。同时,提出一种新颖的基于DNA编码遗传算法构造决策树的方法。先用C4.5算法对数据集进行分类得到初始规则集,再通过文章中算法优化规则集并由此构建决策树。实验证明了该方法有效地避免了传统决策树构建过程的缺点,且有较好的并行性。  相似文献
10.
在DNA计算中,DNA编码序列的设计是影响DNA计算可靠性的重要手段.在不同的DNA序列设计中,应该选择适当的约束条件,并且根据相应的约束条件提出每个DNA应该相应满足的评估公式.文中从DNA编码设计应满足的多约束条件中选取适当的约束条件,提出评估公式,并采用改进的粒子群遗传算法来解决多目标优化问题.同时根据得到的序列与已有序列在综合适应度函数结果上进行对比,结果证明了该方法的有效性.  相似文献
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