Klebsieila sp．601细菌漆酶的鉴定及性质

从森林树木根部土壤中分离得到一株具有2，6-二甲氧基酚（DMP）和2，2＇-连氮基-双（3-乙基苯丙噻唑啉-6磺酸（ABTS）氧化活性的细菌。Cu^2＋、Ca^2＋、Mn^2＋、Fe^2＋和Mg^2＋可诱导细菌表达活性的胞质可溶性单体酶蛋白。该酶进行DMP或ABTS氧化时需要铜离子的协助，在pH5．0～7．5范围内氧化DMP，在pH4．0～4．5范围内氧化ABTS，但不能氧化酪氨酸。SDS-PAGE估测酶蛋白分子量大约为55kD。经60℃处理4h或pH10条件下透析20h仍能保持酶活性。16S rDNA序列分析结合常规细菌形态学分析，表明该细菌属于克雷伯氏菌（Klebsiella）属，并命名为Klebsiella sp．60l。这是首例报道Klebsiella细菌菌株具有漆酶活性。     

一株枯草芽孢杆菌分离鉴定及其降解稠油特性

以稠油为唯一碳源,从被稠油污染过的土壤中筛选到一株高效石油烃降解茵,经生理生化鉴定和16S rDNA鉴定确认其为枯草芽孢杆茵.在摇瓶实验中,该菌最佳降解温度为35～45℃,最佳pH值为7.5～8.5,最佳盐质量浓度为8～16 g/L.在最佳降解条件下,当油质量浓度为0.1 g/L时,稠油降解率达34.3%.利用GC-nD分析知,该茵主要降解稠油中n-C9～n-C40的烷烃组分;利用GC-MS分析得知,该茵对蔡及烷基化萘去除彻底,对二苯并噻吩、芴和稠二萘等部分芳烃类化合物有降解作用,在稠油降解过程中菲及菲的衍生物有所增加.     

Isolation and identification of a sulfate reducing bacteria and sequence analysis of its dissimilatory sulfite reductase gene

A sulfate reducing bacteria was isolated from mining sewage of Daqing Oilfield by Hungate anaerobic technology. Physiological-biochemical analysis showed that the strain could utilize polyacrylamide as sole carbon and nitrogen source. The sequence analysis of 16S rDNA illustrated that the similarity of F8 and Desulfovibrio desulfuricans (AF192153) was 99%, and the similarity sequence of dissimilatory sulfite reductase gene (DSR) cloned from the strain and Desulfovibrio desulfuricans (AF273034) was 98%. Their phylogenitic analysis was basically anastomosed, and thus temporarily named as Desulfovibrio desulfuricans F8. The DSR cloned from F8 strain was 2740 bp in length consisting of three ORF, DSRA, DSRB and DSRD as a single operon (DSRABD) regulated by the same operator. DSRA contained typical conservative box of sulfate—sulfite reducing enzyme (SiteⅠand SiteⅡ), which could bind siroheme and [Fe4S4]. DSRB retained a [Fe4S4] binding site, with an uncomplimentary structure for siroheme binding. There was no conservative box in DSRD. Sequence analysis of DSR will provide a theoretical basis for quantitative detection, metabolic pathway modification through gene engineering, and sulfate reducing bacteria (SRB) suppression.     

一株微生物采油菌的16S rDNA鉴定和绿色荧光蛋白分子标记

筛选到一株高效生产多糖的YX菌,油田先导试验证明该菌可以用于微生物调剖提高原油采收率（Microbial Enhanced Oil Recovery,MEOR）.经16SrDNA分析鉴定,YX菌属于肠内杆菌属（Enterobacter.）,为跟踪监测其动态信息,构建表达绿色荧光蛋白（green fluorescent protein,GFP）的重组质粒pET-30a（＋）-EGFP,利用CaCl2法将其转化至YX菌,利用荧光显微镜可以观察到重组YX（GFP）工程菌的绿色荧光.结果表明YX菌可以被绿色荧光蛋白基因标记,用于微生物采油研究.     

BAF反应器中好氧反硝化菌的分子鉴定及分析

从处理高浓度蛋白质废水的BAF反应器中经富集分离出一株能以KNO3为唯一氮源生长的好氧反硝化菌N1。为进一步研究其分子生物学特性,采用传统的生理生化特征鉴定法及16SrDNA序列分析法对该菌株进行研究,并与已知种和相关种的菌株进行比较,得到系统发育树状图。结果表明,菌株N1的16SrDNA的核苷酸序列与蒙氏假单胞菌（Pseudomonas monteilii strainCIP 104883）的同源性为99.2%,在细菌系统发育分类学上属于假单胞菌属,蒙氏假单胞菌。好氧反硝化菌株N1的序列已向GenBank提交并得到登录号为HQ840771。关于蒙氏假单胞菌的反硝化研究在国内尚未见报道,此研究对于利用微生物技术治理环境中的氮污染具有较高的研究和应用价值。     

养殖河鱼屯肠道细菌16S rDNA多样性分析

从养殖河鱼屯肠道内容物中提取细菌基因组DNA,通过PCR和TA克隆构建了细菌的16SrDNA基因文库研究肠道内容物细菌的多样性。结果表明,大部分序列通过NCBI数据库的BLAST搜索发现相似率为88%~99%,共有8个OTUs的序列相似率小于98%;鉴定出4类系统发育菌群,分别是变形菌门γ亚群(Gamma-Proteobacteria,44.8%)、CFB菌群细菌(Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides,6.9%),厚壁菌门(Firmicutes,13.8%)、Unclassified group(34.5%),其中变形菌门γ亚群为肠道内容物中的优势细菌类群。文库多样性分析结果显示养殖河鱼屯肠道内容物中有着丰富的细菌多样性群落。     

基于城市污水好氧颗粒污泥脱氮除磷系统种群多样性研究

采用16S rDNA克隆文库方法对城市污水脱氮除磷好氧颗粒污泥的细菌种群进行了多样性研究.从16SrDNA克隆文库中随机挑选110个克隆子测序并进行了BLAST比对.结果表明:好氧颗粒污泥序批式反应器(GSBR)系统中细菌群落具有高度多样性,包含14个类群,优势细菌类群为Proteobacteria类群(变形菌类群),占85.18%;细菌类群优势顺序为β-Proteobacteria、α-Proteobacteria、γ-Proteobacteria、uncultured Bacteroidetes、Candidatedivision TM7、δ-proteobacterium、Firmicutes、Planctomycetacia、Actinobacteria、Sphingobacteria、Flavobacteria、Cytophagia、Uncultured bacterium和Uncultured anaerobic bacterium.初步分析了不同细菌类群在脱氮除磷系统中的作用,其中,Proteobacteria纲中部分为聚磷菌,Acidovorax sp.、Planctomycetacia、Cytophagia、Flavobacteria对氮的脱除均有一定作用.     

两株海洋聚球蓝细菌(Synechococcus spp.)的16s rDNA系统发生及生理生态特征分析

利用流式细胞仪分析了黄海近海水样中聚球蓝细菌(Synechococcus)种群的组成,发现主要由藻红蛋白含量不同的两个类群组成.流式细胞仪分选后,用SN培养基培养纯化得到两株聚球蓝细菌IOCAS0401和IOCAS0402.荧光显微镜下镜检,两株菌在蓝色激发光(450～490nm)下发橘红色荧光,并且IOCAS0401的荧光较IOCAS0402强.扫描电镜观察发现IOCAS0401呈椭圆形,长轴大约1.2μm;IOCAS0402近似球形,直径约0.6μm.吸收光谱的检测表明,两者都有叶绿素a和藻红蛋白的特征吸收峰.其中IOCAS0401有藻尿胆素(PUB)和藻红胆素(PEB)吸收锋,而IOCAS0402只有PEB的吸收峰,两者均无藻蓝蛋白(PC)吸收锋.通过16s rDNA测序分析,结果表明两株菌都位于MC-A中的clade II类群,与从日本海域分离获得的MBIC10224菌株有较高的亲缘关系,虽然这三株菌都归为clade II,但单独成一分支,表明它们带有明显的西太平洋特色.     

银屑病患者肠道菌群多样性分析:单中心前瞻性研究

目的探讨银屑病患者与健康人群肠道菌群多样性的差异。方法收集2017年5月至2018年6月间在中国医学科学院皮肤病研究所住院治疗的银屑病患者(银屑病组)及同期本院健康体检人群(健康组)的新鲜粪便标本,分析受试者相关临床资料。提取肠道菌群DNA,采用16S r DNA基因扩增和Illumina平台双端2×300策略测序,基于Gold数据库按>97%的相似性聚类操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU),对照Silva数据库进行物种注释及分类,各层级样本采用轶和检验分析物种差异; QIIME软件计算α多样性主要指数、β多样性分析,t检验分析指数差异,P<0. 05为差异有统计学意义。相关研究结果通过R及GraphPad Prism作图展示。结果符合入选和排除标准的11例银屑病患者及21例健康对照者入选本研究,两组研究对象的性别构成比、年龄和体质量指数无统计学差异(P均>0. 05)。DNA测序分析显示样本测序覆盖深度> 0. 99。银屑病组肠道菌群的OTU数量(278. 18±89. 75比722. 95±152. 81,t=10. 36,P<0. 01)、赵氏指数(433. 38±147. 47比1156. 08±292. 50,t=9. 291,P<0. 01)、香农指数(3. 56±0. 87比5. 73±0. 78,t=6. 972,P<0. 01)和辛普森指数(0. 79±0. 15比0. 94±0. 04,t=3. 287,P <0. 01)均显著低于健康组。RankAbundance曲线显示银屑病组肠道菌群均匀程度较低。PCoA分析(unweighted)显示银屑病组与健康组在第一主成分(24. 35%)可显著分离,Weighted Uni Frac分析可见银屑病组混杂在健康样本中无法区分,且与银屑病亚型无关。样本聚类分析显示,银屑病组肠道菌群与健康组有一定重叠性,银屑病样本特异性菌群少;在门层级,健康组中可检测到TM7,相对丰度为0. 000 066 9 (0. 000 033 4～0. 000 200 5),而银屑病组仅在个别样本中显示有微量存在,相对丰度为0(P<0. 05);在属层级,银屑病组双歧杆菌属[0. 000 033 4 (0. 000 016 7～0. 000 100 3)比0. 000 401 1 (0. 000 200 5～0. 001 337 0)]、布劳特氏菌属[0. 000 467 9 (0. 000 183 8～0. 000 434 5)比0. 002 206 0 (0. 000 935 9～0. 005 582 0)]、粪球菌属[0. 000 033 4 (0～0. 000 401 1)比0. 000 902 5 (0. 000 334 2～0. 005 315 0)]较健康组显著降低,健康组中的戴阿利斯特杆菌属和嗜血菌属仅在银屑病组个别样本中微量存在,克雷伯氏杆菌属在健康组和银屑病组个别样本中存在,但在银屑病组的相对丰度更低,接近0 (P均<0. 05)。个体样本高丰度菌群分析显示,银屑病组个别样本中多糖及短链脂肪酸代谢相关菌群的相对丰度降低。结论银屑病患者肠道菌群多样性低于健康人群。