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DNA编码问题及其复杂性研究*   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
高质量的DNA编码可以避免DNA分子间的非特异性杂交,提高DNA计算的有效性和可靠性。首先对DNA编码的约束条件进行归类,分析了各编码约束对编码质量的影响;然后研究了编码质量、编码数量、序列长度与DNA计算可靠性、有效性、可扩充性之间的关系;最后通过类比DNA编码问题和图的独立集问题,说明了求解最大DNA序列集合问题是NP完全的。  相似文献
2.
针对自抗扰控制器(ADRC)参数多以及由于无确定参数整定算法导致的难以计算最优参数的问题,提出了结合已知参数整定规则的智能模拟退火算法(SA).该方法改进了原始模拟退火算法的搜索规则,提高了参数搜索的范围和效率.最后,通过仿真实例验证了这种改进的智能模拟退火算法的有效性.  相似文献
3.
DNA计算是将现实问题进行编码,映射到DNA分子上,然后通过分子生物实验产生出代表问题解的DNA分子,最后通过检测技术提取出该DNA分子.高质量的DNA编码可以尽可能避免或减少计算过程中出现的错误,并使检测阶段易于提取出代表问题解的DNA分子.文中对基于汉明距离和基于自由能的DNA核酸编码方法进行研究,分析了两类方法的约束条件对DNA编码质量的影响,比较了两类方法排除非特异性杂交的完备性和计算量,进一步分析了两类方法编码DNA序列的效率.通过分析和比较得到,两类DNA计算编码方法都能有效地限制DNA分子间的非特异性杂交,其中基于汉明距离的DNA编码方法的计算量比较小,但是它仅能近似地估计DNA分子间杂交的热力学稳定性,不能完全替代最小自由能的编码方法.在满足DNA计算试验精度要求的条件下,采用基于汉明距离的DNA编码设计方法不仅能有效地的挑选出特异性杂交和非特异性杂交的DNA序列,还能有效地减少计算量,从而提高DNA序列设计的效率.  相似文献
4.
DNA计算是将现实问题进行编码映射到DNA分子上,通过生物实验产生出代表问题的解的DNA分子,最后通过检测技术提取出该DNA分子。高质量的DNA编码可以尽可能避免或减少计算过程中出现的错误,并使检测阶段易于提取出代表问题的解的DNA分子。对DNA编码约束进行了研究,分析了基于汉明距离的编码约束可以有效降低DNA分子间相似程度,减少DNA计算过程中DNA分子间的相互干扰,从而提高DNA计算的有效性和可靠性。还证明了基于汉明距离的编码约束存在等价的序列组合,降低了编码计算的复杂度。  相似文献
5.
Ramsey数问题是一个著名的组合优化问题, 同时也是一个NP完全问题。构造对角Ramsey图是一个难处理的计算问题,使用穷举的算法来构造对角Ramsey图必然导致计算量的指数爆炸,穷举的DNA算法也不例外。提出了一个构造对角Ramsey图的递阶式DNA粘贴—剪接算法,该算法通过逐个添加顶点的思想, 逐步删除了问题的绝大部分非解,在一定程度上缓解了问题解的空间扩散。特别地, 专门针对对角Ramsey数R(5,5)的43阶Ramsey图的构造问题进行了计算分析, 分析结果充分地肯定了该算法的有效性。  相似文献
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