基于线粒体Cyt b基因的南海北部金钱鱼种群遗传结构分析

【目的】分析南海北部金钱鱼（Scatophagus argus）遗传多样性,明确其群体演化历史和分布动态,为金钱鱼养殖育种及其种质资源的合理开发利用提供科学依据。【方法】以采自福建东山（DS）、广东阳江（YJ）、海南海口（HK）、广西北海涠洲岛（BH）、广西钦州（QZ）、广西防城港（FC）及越南清化（TH）等南海北部的7个金钱鱼地理群体为研究对象,基于线粒体DNA细胞色素b基因（Cyt b）序列分析,利用DnaSP 5.10统计南海北部金钱鱼群体的单倍型、单倍型多样性指数（H_d）和遗传多样性指数（π）,通过邻接法（NJ）构建单倍型的系统发育进化树,以Network 4.6中的中介连接网络法构建单倍型网络图,并综合Tajima’s D检验、Fu’s Fs检验及核苷酸错配分布等方法分析金钱鱼群体的历史动态。【结果】7个金钱鱼地理群体的291条Cyt b基因序列定义为33个单倍型（Hap1~Hap33）,其中单倍型Hap1、Hap2和Hap7是南海北部金钱鱼在长期进化过程中形成的稳定优势基因型。7个金钱鱼地理群体的H_d为0.54103~0.77436,π为0.00112~0.00171,群体内遗传距离为0.00113~0.00171,遗传分化系数（F_st）为-0.01734~0.00364,基因流（Nm）为137.03888~inf。不同地理群体的单倍型均无规律地散布在单倍型系统发育进化树上,不存在与地理群体明显对应的系统分支,也未表现出明显的地理聚群分布特征。金钱鱼群体内个体间的遗传变异为100.74%,说明遗传变异全部来源于群体内个体间,即南海北部金钱鱼群体既无群体分化,也无以琼州海峡分隔的组群分化。Tajima’s D检验和Fu’s Fs检验结果均为显著负值,且核苷酸错配分布呈单峰分布,推测南海北部金钱鱼群体发生过群体扩张,且扩张事件约发生在3.4万年前,属于更新世晚期。【结论】南海北部7个金钱鱼地理群体的遗传多样性符合高单倍型多样性低核苷酸多样性类型,群体间遗传距离较小,亲缘关系较近,遗传分化不明显,且群体间存在频繁的基因交流,具有高度的遗传同质性,符合南海北部金钱鱼是一个随机交配种群的假设。     

卵形鲳鲹生长抑素家族基因的全基因组鉴定及组织表达特征分析

【目的】明确卵形鲳鲹生长抑素（SST）家族基因的种类及其组织表达特征,为进一步揭示SST家族基因在其生长发育过程中的作用机制打下基础。【方法】采用HMMER 3.1对卵形鲳鲹全基因组数据进行搜索,然后通过Pfam、SMART及NCBI CDD等数据库确认搜索获得的基因是否属于SST家族基因;采用ProtParam和PSORT等在线软件进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测SST家族基因在卵形鲳鲹不同组织中的表达情况。【结果】从卵形鲳鲹全基因组中共鉴定出4个SST家族基因（SST1、SST3、SST5和SST6）,分别编码122、127、106和110个氨基酸残基,对应的编码蛋白分子量介于12249.3~14316.1Da,理论等电点（pI）介于6.51~7.43,均定位于细胞外。4个卵形鲳鲹SST基因结构较简单且相似,均包含2个外显子和1个内含子;SST1和SST3基因位于7号染色体上,SST6和SST5基因则分别位于8号和23号染色体上;4个卵形鲳鲹SST氨基酸序列相似性的平均值为33.42%,以SST5氨基酸序列与SST6氨基酸序列的相似性最高（39.78%）,SST3氨基酸序列与SST5氨基酸序列的相似性最低（28.16%）。SST家族基因在卵形鲳鲹脑、胃、性腺和肌肉等组织中均有不同程度的表达,SST1、SST3和SST6基因在脑组织中显著高表达（P<0.05,下同）,而SST5基因在性腺和肌肉组织中显著高表达;此外,SST3、SST5和SST6基因在卵形鲳鲹卵巢中的相对表达量均显著高于在精巢中的相对表达量。【结论】从卵形鲳鲹基因组中鉴定出4个SST家族基因（SST1、SST3、SST5和SST6）,其表达分布存在组织特异性和种属特异性,可能介导卵形鲳鲹的神经调节、性腺发育及性二型性等多种生理功能,且不同物种的SST基因功能可能存在差异。     

卵形鲳鲹MyoG基因克隆及其胚胎组织表达分析

[目的]明确卵形鲳鲹胚胎发育中肌细胞生成素基因(MyoG)的表达规律,为阐明MyoG在卵形鲳鲹胚胎生长发育中的作用机制打下基础.[方法]采用RT-PCR扩增卵形鲳鲹MyoG基因全长序列,通过ProtParam、GOR IV、SWISS-MODEL、TMHMM、SignalP、PSORT及NetNGlyc 1.0等在线软件对其进行生物信息学分析;运用实时荧光定量PCR检测MyoG基因在卵形鲳鲹不同胚胎发育时期(受精卵、卵裂期、囊胚期、原肠胚期、胚胎形成期、眼囊期、耳囊期、心脏跳动期、晶体出现期和孵化期)的表达情况.[结果]从卵形鲳鲹胚胎组织中克隆获得的MyoG基因全长为1379 bp,编码233个氨基酸残基,其蛋白分子量为26059.19 Da,理论等电点(pI)为8.72;不稳定指数为75.23,即MyoG蛋白稳定性较差;总平均疏水指数(GRAVY)为-0.764,属于亲水性蛋白.卵形鲳鲹MyoG蛋白无跨膜结构,无信号肽序列,在第49位氨基酸处存在1个潜在的糖基化位点;卵形鲳鲹MyoG蛋白主要存在于细胞质和微体中,不属于分泌蛋白,其二级结构中以无规则卷曲占比最高(59.23%),其次为α-螺旋(21.46%)和延伸链(19.31%).MyoG基因相对表达量在卵形鲳鲹胚胎发育过程中呈明显的先升高后降低变化趋势.其中,在胚胎发育的前期(受精卵至胚体形成期)MyoG基因相对表达量极低,但从眼囊期开始其相对表达量迅速升高,至心脏跳动期达最高值;眼囊期、耳囊期和心脏跳动期3个时期的MyoG基因相对表达量均极显著高于胚胎发育前5个时期(P<0.01,下同);从晶体出现期开始,MyoG基因相对表达量极显著降低.[结论]MyoG基因除了在卵形鲳鲹眼囊期、耳囊期和心脏跳动期的分化形成过程中发挥重要作用外,在卵形鲳鲹胚胎器官分化形成后仍发挥着重要作用.     

广西海参养殖现状及产业发展建议

为了更好地推动广西海参产业发展，综述了广西海参资源和养殖现状，分析了广西海参产业面临的主要问题，并对广西海参产业的可持续健康发展提出建议。广西海参养殖业存在养殖规模小、养殖技术水平低、设施化水平低、养殖品种单一、种质资源良莠不齐等问题。建议通过挖掘本地优势种质资源，建立育苗基地；合理规划布局，改善基础设施；开展海参繁养技术研究，提高海参育苗和养殖技术等措施推动广西海参产业健康发展，为广西海洋渔业经济做贡献。     

华南沿海长鳍篮子鱼不同地理群体的遗传多样性分析

对南海北部沿岸及东海南部9个不同地理群体的长鳍篮子鱼(Siganus canaliculatus)进行遗传多样性及遗传结构分析。484条DNA D-loop 序列分析结果显示：序列长度约 828bp,包含57个变异位点,92个单倍型；所有群体总的单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.80798和0.00405；群体内的遗传距离 0.00386～0.00532,群体间的遗传距离 0.00383～0.00482,群体间的分化指数为-0.01935～0.00759,各种分组的AMOVA分析均显示群体内变异比例超过100%；Fu"s Fs检验值为显著负值(-25.53678,p<0.01),核苷酸错配分布图呈单峰,吻合度检验数值较小且不显著,这些结果均提示长鳍篮子鱼可能经历过种群扩张事件,推测扩张时间约在4.74万年～1.18万年前。综上,南海北部沿岸及东海南部9个长鳍篮子鱼群体间不存在显著的地理结构和谱系结构,可划归一个管理单元进行种质资源保护。     

鲆鲽类循环水养殖系统中病原菌的分布及杀除工艺

以半滑舌鳎皮肤溃疡病的致病菌灿烂弧菌Vibrio splendidus和哈维氏弧菌Vibrio harveyi为指示菌，研究了循环水养殖系统各环节中细菌分布和消除工艺。结果表明，不健康的苗种携带病原菌进入养殖系统后，可分布在残饵、池壁污物、养殖工具及循环水各处理环节。而弧形筛过滤、曝气池气升、紫外线消毒是循环水养殖系统消除细菌的三大环节。用5×10-6 mol/L的KMnO4溶液浸泡工具2h，对细菌的杀灭率达到100%；用25×10-6 mol/L的KMnO4溶液擦拭养殖池壁污物1.5min后，细菌杀灭率高于90%；用100×10-6 mol/L浓度的H2O2溶液对养殖舌鳎病鱼进行药浴消毒处理10min，对体表细菌的杀灭率达到了94.49%。对鲆鲽鱼类循环水养殖系统中细菌的分布和消除效果进行了系统研究，研究结果可为建立循环水健康养殖工艺提供理论数据和参考。     

饲料脂肪水平与黄颡鱼幼鱼生长、体营养成分及肌肉脂肪酸组成的关系

为研究饲料脂肪水平对黄颡鱼幼鱼生长性能及肌肉脂肪酸组成的影响,配制不同脂肪水平的颗粒饲料饲喂幼鱼,在基础饲料中分别添加0%、2%、3.5%、5%、6.5%的豆油,配制成5组颗粒饲料分别饲喂5组黄颡鱼幼鱼60 d。结果表明:①3、4、5组黄颡鱼幼鱼增重率显著高于1、2组(P0.05);②各试验组鱼肌肉脂肪酸组成和饲料有较大的相关性及差异性,随着饲料脂肪水平的提高,各组鱼体肌肉与各组饲料中的SFA和MUFA相对含量迅速降低,C182n6、C205n3、PUFA和HUFA则均迅速提升;各组鱼体肌肉组织中的SFA、MUFA相对含量高于相应饲料中同类脂肪酸,而PUFA及n-6 PUFA则低于相应饲料;③C182n6相对含量以5组最高(14.36%);1组鱼体肌肉C205n3(0.77%)相对含量显著低于其他各组(P0.05);综合各项生长指标,4、5组黄颡鱼幼鱼生长性能较好;鱼体中还可能存在C181n9向C161n7和C181n7的转化。     

永生化尼罗罗非鱼巨噬细胞系的建立及鉴定

为获得具有单一克隆特性的能稳定传代培养的罗非鱼巨噬细胞系,本研究从尼罗罗非鱼腹腔中分离纯化巨噬细胞,采用EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)感染,筛选单克隆细胞的方法建立了尼罗罗非鱼巨噬细胞系,并对其进行了EBV感染鉴定、电镜观察、端粒酶活性检测、致癌性评估、核型分析以及分子生物学鉴定。研究表明,EBV已整合到尼罗罗非鱼巨噬细胞中且稳定表达,经30代稳定传代,该细胞系仍维持较好的增殖状态;该细胞系表面不平滑,有明显的钝圆形突起和细长的伪足,表现为典型的巨噬细胞形态;端粒酶活性显著高于未经感染的巨噬细胞,而与He La细胞差异不显著,且该细胞系不具有致癌性,说明永生化细胞系构建成功。核型分析结果发现,该细胞系具有44条染色体,其核型公式为2 n=2 x=44=4 sm+17 st+1 t。PCR检测发现,该细胞系存在CD33和CD205的转录本,这些都是单核巨噬细胞的标志物,经18S r RNA检测证明该细胞系来自尼罗罗非鱼巨噬细胞。永生化尼罗罗非鱼巨噬细胞系已被成功建立,该细胞系为研究罗非鱼链球菌HSP70-肽疫苗的高保护率,以及罗非鱼的免疫防御机制提供了工具。     

卵形鲳JunB基因克隆及其胚胎组织表达分析

【目的】明确卵形鲳鲹（Trachinotus ovatus）JunB基因（ToJunB）在胚胎发育过程中的表达规律,为揭示JunB基因在鱼类胚胎发育过程中的作用机制打下基础。【方法】采用RT-PCR扩增ToJunB基因编码区（CDS）序列,通过ProtParam、NetSurfP 2.0、TMHMM、SignalP、PSORT及NetNGlyc 1.0等在线软件进行生物信息学分析,并采用荧光定量PCR检测ToJunB基因在卵形鲳鲹17个胚胎发育时期（受精卵、2-细胞期、8-细胞期、16-细胞期、32-细胞期、64-细胞期、多细胞期、高囊胚期、原肠早期、原肠中期、原肠末期、胚胎形成期、眼囊期、耳囊期、心脏跳动期、晶体出现期和初孵仔期）的表达情况。【结果】克隆获得的ToJunB基因（1777 bp）包含344 bp的5'端非编码区（5'-UTR）、954 bp的开放阅读框（ORF）及479 bp的3'端非编码区（3'-UTR）,共编码318个氨基酸残基;其编码蛋白分子量为35.03 kD,理论等电点（pI）为8.26,呈碱性;总平均疏水指数（GRAVY）为-0.567,为亲水性蛋白。ToJunB蛋白无跨膜结构和信号肽,主要定位于细胞核,属于非分泌型蛋白,在第39、129和168位氨基酸处各存在1个潜在的糖基化位点;其二级结构中α-螺旋占35.67%、延伸链占14.33%、无规则卷曲占50.00%。基于JunB氨基酸序列相似性构建的系统发育进化树显示,卵形鲳鲹与黄尾鰤的遗传距离最近,均隶属于鲈形目鲹科。ToJunB基因在胚胎发育前期（受精卵至原肠早期）的相对表达量较高,至原肠中期达最高值,在胚胎发育后期（原肠末期至初孵仔期）的相对表达量均较低,且ToJunB基因在受精卵至原肠中期共10个发育时期的相对表达量极显著高于胚胎发育后期的7个时期（P<0.01）。【结论】ToJunB基因在卵形鲳鲹胚胎受精卵至原肠早期的相对表达量较高,于原肠中期达最高值后迅速降低,原肠末期至初孵仔期的相对表达量均较低,说明JunB基因在卵形鲳鲹胚胎发育的细胞分裂和增殖过程中发挥重要作用。     

响应面法优化长茎葡萄蕨藻多糖提取工艺及抗氧化活性

为了探究提取长茎葡萄蕨藻多糖的最优工艺及抗氧化活性，对目前已有的多糖提取方法进行筛选，并采用单因素实验和响应面实验的方法，对料液比、提取温度、提取时间、木瓜蛋白酶添加量和提取次数这5个因素进行优化。结果显示，添加木瓜蛋白酶提取长茎葡萄蕨藻多糖的方法最高效便捷，且当料液比1∶40，提取温度50 ℃，提取时间3 h，提取次数2次，以及木瓜蛋白酶添加量为2.0% 时，长茎葡萄蕨藻多糖提取率相对较高，可达到41.24%±0.09%。进一步的实验结果显示，长茎葡萄蕨藻多糖对DPPH和ABTS自由基均具有良好的清除活性，其IC₅₀值分别为2.32和0.67 mg/mL。研究表明，使用优化后的木瓜蛋白酶酶解法能有效提高长茎葡萄蕨藻多糖的提取率，且长茎葡萄蕨藻多糖具有良好的抗氧化活性。本研究可为长茎葡萄蕨藻多糖的开发利用提供理论基础和参考依据。