2012－2014年乌鲁木齐市5岁以下急性腹泻儿童患者诺如病毒感染及基因型研究

目的了解2012 — 2014年新疆维吾尔自治区（新疆）乌鲁木齐市＜5岁住院儿童患者诺如病毒的分子流行病学特征。方法收集2012 — 2014年乌鲁木齐市895例＜5岁急性腹泻儿童患者粪便标本和流行病学资料,应用实时荧光反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）进行诺如病毒检测,阳性样本通过RT-PCR扩增、测序和序列分析。结果诺如病毒的检出率为16.8%（150/895）,不同年份阳性率差异有统计学意义（χ2＝21.080,P＜0.05）;不同年龄组阳性率差异有统计学意义（χ2=13.367,P＝0.020）。 137份样本获得聚合酶区序列,其中89份获得衣壳蛋白区序列。聚合酶区和衣壳区分别包括11和9个基因型。根据89株双分型结果,GⅡ.4 Den Haag 2006b和GⅡ.Pe/GⅡ.4 Sydney 2012分别占21.3%和32.6%,GⅡ.P12/GⅡ.3占29.2%。 根据衣壳区分型结果,在GⅡ.4基因型中,2012 — 2014年GⅡ.4 DenHaag 2006b所占比例分别为90.0%、0%和0%;GⅡ.Pe/GⅡ.4 Sydney 2012所占比例分别为10.0%、100%和100%。结论新疆乌鲁木齐市急性腹泻儿童诺如病毒具有遗传多样性;GⅡ.Pe/GⅡ.4 Sydney 2012在新疆地区出现,逐渐替代GⅡ.4 DenHaag 2006b成为新的流行优势株。     

一起由札如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情的分子流行病学研究

目的 调查深圳市某幼儿园发生的一起急性胃肠炎暴发疫情的病原体,并分析病原体的分子流行病学特征.方法 收集患病幼儿及相关人员的粪便标本16份,剩余食物6份,采用国家卫生行业标准规定方法检测肠道致病菌、实时荧光RT-PCR法检测诺如病毒、札如病毒、轮状病毒核酸,逆转录RT-PCR法对病毒衣壳区和聚合酶区序列进行扩增,对PCR产物进行序列测定.序列用Clustalx软件进行多重比对、Mega 5.0软件绘制系统进化树.结果 16份样本中检出11例札如病毒核酸阳性,对其中3例阳性标本进行札如病毒衣壳区和聚合酶区序列测定,3株札如病毒与GII.3型参考株AY603425衣壳区核苷酸同源性为86.3％,聚合酶区核苷酸同源性为90.2％,3株札如病毒与GII.3型参考株AY603425、AB455793同属于GII.3型遗传分支.结论 此起急性胃肠炎爆发是由GII.3型札如病毒导致,GII.3型引起的急性胃肠炎暴发属广东省首次报道.     

2017-2019年新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市5岁以下腹泻住院患儿诺如病毒分子流行病学特征

  目的  了解2017 — 2019年新疆维吾尔自治区（新疆）乌鲁木齐市5岁以下腹泻住院患儿诺如病毒的分子流行病学特征。  方法  收集2017 — 2019年乌鲁木齐市5岁以下腹泻住院患儿粪便标本和相应临床资料,应用实时荧光反转录聚合酶链式反应（real time RT-PCR）进行诺如病毒核酸检测,阳性样本通过RT-PCR扩增、测序和序列分析,并结合临床资料分析流行病学特征。  结果  腹泻住院患儿粪便标本核酸检测阳性率为25.20%（246/976）,不同年份阳性率差异有统计学意义（χ2＝40.724,P<0.0001）;0.5～1岁年龄组最高（30.61%,101/330）,不同年龄组阳性率差异无统计学意义。 110份样本获得ORF1/ORF2重叠区序列,包括7个基因型,其中GⅡ.4 Sydney［P31］为流行优势株,占59.09%（65/110）,其次是GⅡ.3［P12］（18.18%,20/110）和GⅡ.2［P16］（17.27%,19/110）,其他型别包括GⅡ.6［P7］（2.72%,3/110）、GⅡ.4 Sydney［P16］（0.91%,1/110）、GⅡ.1 ［P16］（0.91%,1/110）和GⅠ.4［P4］（0.91%,1/110）。GⅡ.2［P16］自2017年第二季度出现,在2019年第三季度成为流行优势株。  结论  在新疆地区诺如病毒是引起5岁以下儿童腹泻的主要病原之一,GⅡ.4 Sydney［P31］、GⅡ.3［P12］和GⅡ.2［P16］是该地区流行的主要基因型。     

GⅡ.4型诺如病毒不同变异株与HBGAs结合模式分析

目的 了解GⅡ.4型诺如病毒不同变异株与受体人组织血型抗原(human histo-blood group antigens,HBGAs)的结合模式及HBGAs在GⅡ.4型诺如病毒进化过程中的角色.方法 利用RT-PCR方法扩增5株不同GⅡ.4型诺如病毒变异株的衣壳蛋白P区序列,在原核系统中表达并纯化P蛋白.通过一组HBGAs表型明确的唾液样本与P蛋白结合,进行唾液HBGAs结合模式分析.同时,将P蛋白与人工合成的HBGAs寡糖进行寡糖结合分析.结果 唾液HBGAs结合模式分析表明,Sakai变异株几乎不结合,其他GⅡ.4变异株的HBGAs结合模式相似,与分泌型唾液(A、B、AB和O型分泌型)结合,与O型非分泌型唾液不结合.95/96US变异株和2006b变异株结合能力较高,其次是Camberwell变异株,Hunter变异株较弱.寡糖结合分析与唾液结合分析结果一致,Sakai变异株不结合,其他毒株与均与分泌型寡糖(Ley和H1)结合,与非分泌型寡糖(Lea和Lex)不结合.95/96US变异株和2006b变异株与寡糖的结合能力较强,其次是Camberwell变异株.结论 绝大多数GⅡ.4型诺如病毒变异株与HBGAs结合模式相同,但结合能力不同,结合能力强的变异株流行范围较广.     

GII.8和GII.9型诺如病毒P蛋白糖结合特征研究

目的了解GII.8和GII.9型诺如病毒P蛋白的糖结合特征。方法利用大肠杆菌系统获得GII.8和GII.9诺如病毒P颗粒蛋白, 通过寡糖和唾液结合实验, 研究P颗粒蛋白与组织血型抗原等糖的相互作用, 再采用序列比对和结构比较, 分析GII.8和GII.9糖结合位点的序列和结构特征。结果 GII.8 P蛋白与所检测的寡糖无明显结合, 与部分人A/B/O型别唾液样本有结合。GII.9 P蛋白结合H双糖, 与人A/B/O型别唾液有很好结合。序列和结构分析均显示GII.8 P蛋白具有与GIII.9相似的潜在糖受体结合位点, 其位点与流行株GII.4等型别的糖受体区区相近。结论非流行株GII.8和GII.9 P蛋白与不同组织血型抗原的结合能力不同, 提示可能会造成流行的差异, 需要对非流行株开展持续的分子监测。     

2015年我国17省市5岁以下腹泻患儿星状病毒感染监测结果分析

目的 了解2015年我国17省市5岁以下腹泻患儿星状病毒的流行特征.方法 收集2015年我国17省市4 672份5岁以下腹泻患儿的腹泻粪便样本和相应病例临床信息,采用描述性流行病学方法分析星状病毒感染的分布特征.利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)反应进行星状病毒检测,对其中部分星状阳性PCR产物测序并进行系统进化分析.结果 星状病毒检出的阳性率约为3.40％(159/4 672).星状病毒感染阳性的患儿年龄主要集中在0～2岁,占85.53％(136/159);季节高峰在1月;流行地区主要位于西部及北部地区.选取52份星状病毒阳性标本进行测序,获得32株序列,系统进化分析结果显示,31株为经典HAstV-1型星状病毒,同时检测到1株HAstV-5型星状病毒.结论 星状病毒是我国17省市5岁以下腹泻患儿的重要病原体之一,经典的HAstV-1型是我国星状病毒流行优势株.     

2016-2019年我国诺如病毒暴发疫情的分子流行病学特征分析

  目的  了解中国诺如病毒监测网络（CaliciNet China）的发展及2016 — 2019年中国诺如病毒分子流行特征。  方法   收集2016年10月至2019年9月诺如病毒暴发流行病学和病例临床信息及标本,应用荧光反转录聚合酶链式反应（real-time, RT-PCR）进行诺如病毒检测,阳性样本通过RT-PCR扩增、测序,将数据录入CaliciNet China数据库并进行基因分型。  结果  2016年10月至2019年9月,共报告诺如病毒疫情1 153起,对其中776起疫情（67.3%）的阳性样本进行了基因分型。 94.9%的暴发疫情与人–人传播有关,发生在托幼机构或学校（94.4%）,每年11月至次年3月为诺如病毒暴发的流行高峰（65.0%）。 57.6%的诺如病毒暴发由GⅡ.2［P16］引起。  结论  GⅡ.2［P16］是 2016年10月至2019年9月引起我国诺如病毒暴发的主要基因型,主要发生在托幼机构或或学校,CaliciNet China正在进行的监测提供了有关毒株基因分型和暴发特征的信息。     

2010-2011年兰州地区5岁以下腹泻患儿杯状病毒和腺病毒感染的流行特征

目的 了解兰州地区腹泻患儿中杯状病毒和腺病毒感染的分子流行病学及临床特点.方法 收集兰州大学第一医院2010年7月至2011年6月腹泻患儿粪便标本295份,采用RT-PCR或PCR的方法检测杯状病毒及腺病毒,腺病毒阳性标本利用多重PCR及巢式PCR的方法分型,并对序列进行分析.结果 295份粪便标本中杯状病毒的检出率为13.2％( 39/295),腺病毒的检出率是5.1％ (15/295).分型结果显示:杯状病毒中69.2％为诺如病毒,其余是札如病毒,诺如病毒中以GⅡ-3(13例)为主,其次为GⅡ-4(12例),GⅡ-6(2例);腺病毒主要以F组的41型(10/15)为主,同时还检测到1例A组的31型,2例B组的3型及C组的1例5型和1例6型,两种病毒均主要感染2岁以下儿童,无明显的季节高峰.结论 杯状病毒和腺病毒是2010 -2011年兰州地区病毒性腹泻患儿的重要病原,长期监测具有重要意义.     

2008-2009年北京地区GⅡ.12型诺如病毒基因特征研究

目的 了解2008-2009年北京地区成人腹泻样本中诺如病毒(Norovirus,NoV)GⅡ.12型毒株的基因特征.方法 用三对引物对11株GⅡ.12型诺如病毒毒株RdRp,、ORF2、ORF3及ORF1/OFF2重叠区分别扩增,PCR产物纯化、克隆、测序,通过DNAStar、MEGA、SimPlot等生物软件进行比对、系统进化分析及重组分析.结果 根据系统进化分析,11株在RdRp区属于GⅡ.g,在ORF2和ORF3区均属于GⅡ.12.SimPlot分析进一步证实了11株均为GⅡ.g/GⅡ.12重组株.结论 北京地区流行的GⅡ.12型诺如病毒与世界其他地区流行的GⅡ.12型诺如病毒毒株均属同一毒株,确定了北京地区GⅡ.12型诺如病毒毒株的基因特征.     

热力及紫外线对轮状病毒的消毒作用分析

目的:检验热力及紫外线（ultraviolet, UV）辐照对轮状病毒（rotavirus,RV）的消毒效果,为环境消毒RV提供技术支撑。方法:通过计算半数组织培养感染剂量（median tissue culture infective dose,TCID 50）检测在热力及紫外线处理后RV的滴度变化,判断...