上海农作物种质资源数据库的设计和构建

随着农作物种质资源数量的不断增加,种质资源交流的日益频繁以及种质资源利用的逐步深入,农作物种质资源数据库的建设对农作物的应用研究和基础性研究至关重要。上海市农业生物基因中心借助于本中心保存的近21万份种质资源的信息,开发了一套上海农作物种质资源数据库,本文主要阐述了该数据库设计和构建的目的、原则和数据库的架构、运行环境以及主要功能模块。上海农作物种质资源数据库采用了B/S结构,平台系统利用多层逻辑架构实现了对农作物种质资源数据信息的收集、存储、查询、统计分析等功能。外部用户通过浏览器即可访问平台系统,浏览查询种质资源信息。内部管理员可使用平台的受限功能,需要认证成功后才可使用后台管理功能,实现对整个平台数据的管理。注册用户还可通过基因资源数据库提交引种申请,管理员结合管理信息系统实现对外供种全流程的网络化,借此可提高工作效率,增加工作流程的透明度。     

水稻导入系群体的构建与保存

利用我国和国际水稻所的21个优良品种作轮回亲本、来源于24个国家和地区的188份品种资源作供体亲本,通过杂交、连续回交结合性状筛选,构建了近6万份具有轮回亲本遗传背景的近等基因导入系.通过初步的鉴定、整理、编目,共有41255份材料保存于上海市农业生物基因中心中期库,构建了专门的数据库,可实现全球范围的网络共享, 已分发利用了1200余份资源.     

基于本体论的植物遗传资源数据整合研究

随着现代生物学的发展,全球范围内建立了大量的生物学数据共享中心,同时,在生物学发展的带动下,植物遗传资源数据变得更为复杂、异构化和海量。本文在分析国内外几大著名的数据整合共享中心的基础上,简要介绍了本体论的概念及其在生物学领域中的研究现状,提出了基于生物本体论将植物遗传数据、数据挖掘工具、科技文献和科技交流进行整合的设想,并对数据整合需要考虑的几个问题进行了讨论。     

上海水稻种质资源的研究与利用进展

综述了上海市水稻种质资源的收集、保存、鉴定、评价和种质创新的研究概况。重点介绍了近年来上海市各科研单位在水稻种质资源的收集保存情况以及在水稻生理、生化、分子生物学和新品种选育等方面的研究进展,为优良稻种资源的系统研究和有效利用提供了一定的借鉴与参考作用。     

上海市农作物审定品种多样性与数据化共享

上海市于1984年实施农作物新品种审定制度,至2006年共审(认)定新品种464个,包括粮食作物153个、油料作物24个、纤维作物5个、蔬菜134个、瓜果85个、食用菌31个。本文分析了上海市审定品种的物种多样性和主要作物的性状变异,并以水稻为例分析了水稻审定品种的多样性及育种成就,探讨了在水稻产量提高过程中的产量构成因子的作用。介绍了上海市审定品种数据化共享系统及其应用方法。     

基于表型性状的叶用莴苣资源多样性分析

对从国内外引进的153份叶用莴苣种质资源的15个表型性状进行了系统鉴定,主要包括叶片性状、植株性状、抽薹开花时间等。结果表明:15个表型性状的平均变异系数为28.98%,其中叶缘变异系数最大(49.85%),开花期的最小(7.05%)。15个表型性状的平均遗传多样性指数为1.08,抽薹期(1.41)、叶形(1.56)、株高(1.39)的遗传多样性指数均较大,叶裂刻的遗传多样性指数最小(0.3)。通过SAS对这些材料进行聚类分析,将153份材料分为4组群,结果表明第l I和IV组群包含资源60和65份,其余组群包含材料较少。总体来讲叶用莴苣资源型性状的变异程度和遗传多样性指数较高,具有丰富的变异程度和多样性。     

上海农作物种质资源库管理信息系统建设北大核心CSCD

种质资源管理工作是一项基础性工作,环节多、流程长、所涉及的相关信息量大。随着国家对种质资源工作的重视,今后种质资源的收集、保存量还会进一步增大,对种质资源的需求越来越多,对外服务量也不断增加。因此,需要利用现代化的管理信息系统来实现种质资源库的高效管理,规范进出库的每一个流程。上海市农业生物基因中心基于十多年的运行经验,遵循简单实用、规范性强、安全可靠、可扩充四大原则,建立了一套种质资源库管理信息系统。本文详细介绍了该系统的总体设计框架,以及本系统所包含的库位管理、种子信息管理、种子进出库管理、种子预警、统计汇总、用户管理、反馈管理这7个主要的功能模块,希望为其他种质资源库建立类似的管理信息系统提供参考。