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尽管二代基因组测序技术日渐流行,Sanger测序依旧是SNP识别和分析的金标准。传统对于Sanger测序结果的分析多依赖Seq Man等软件进行。然而这类软件大多依靠人工操作来识别和记录测序结果中的SNP位点,效率低下且容易发生错误。此外,当对多个个体进行序列测定时,这类软件无法完成对群体数据的管理和输出,给研究人员造成了一定的不便。Phred/Phrap/Consed/Polyphred是华盛顿大学开发的基于类Unix平台的软件包,在大规模测序数据的管理和SNP自动识别、标记与输出方面具有强大的功能。然而,由于其安装和使用较为复杂,在国内较少使用。本研究对该软件包的功能、使用流程、特点等进行了介绍,并将其安装于Ubuntu12.04操作系统并置于VMware虚拟机中,方便遗传学者的下载和使用。 相似文献
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同种异基因骨髓移植GVHD动物模型的建立及其病理生理学机制初探 总被引:1,自引:0,他引:1
目的:建立稳定的异基因骨髓移植GVHD(移植物抗宿主病)动物模型,并初步了解其病理生理学机制。方法:以BALB/c(H-2^d)雌性小鼠为受者,接受8Gy致死剂量的。Co全身照射后,输注雄性C57BL/6(H-2^b)供鼠的脾细胞和骨髓细胞,观察受鼠的体征、造血功能恢复及生存时间的变化,并进行病理学、嵌合体和T细胞亚群及相关细胞因子的检查。结果:模型组小鼠在移植后出现了典型的GVHD症状;肠、肝、脾、皮肤的病理学分析均属于Ⅳ度GVHD;嵌合体植入成功;以7、14和21d为检测时间点,发现模型组鼠体内T细胞亚群移植后较移植前CD3^+CD4^+T细胞数量减少,CD3+CD8+T细胞显著升高,CD4^+和CD8^+T细胞比例严重倒置,随着时间变化比值会逐渐升高,但仍然处于较显著的倒置水平;血清中IFN-γ、TNF-α在移植后+7d表达显著增高,尤其是IFN-γ的表达在+7d达峰值;IL-4和IL-10的水平在移植前后几乎没有变化。结论:建立了稳定的GVHD动物模型;此模型发病过程中,CD8^+T细胞介导的CTL细胞毒性作用可能要大于CD4+Th介导的细胞因子效应;IFN-γ、TNF-α炎症因子在GVHD的早期发挥重要作用;IL-4、IL-10的低水平分泌与急性GVHD的高发病率有关。 相似文献
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