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序列比对算法在许多不同的领域得到应用。当前,一个重要的应用就是比对大分子,例如DNA和蛋白质序列比对。许多情况,有必要比对三序列。DavidR.Powell就提出过一种使用线性空位罚分的优化的三序列比对算法。这个算法最早是由Ukkonen提出的,该算法基于简单打分的两序列比对。该文通过引入“检查点法”对其进行改进,并充分利用近期蓬勃发展的高性能计算技术,对算法并行化,且在cluster机上实现。 相似文献
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基于MPI的连铸模拟并行计算 总被引:1,自引:1,他引:0
鉴于连铸模拟计算量大和耗时较长的特点,提出了基于cluster计算环境下的一种并行算法,该算法基于“分而治之”的策略,采用主从模式对模拟计算的SIMPLER算法进行了并行化。通过在cluster并行计算机系统上的数值实验表明,该算法取得了较好的并行计算效果。 相似文献
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