南宁市腹泻患儿人星状病毒检测及基因特征分析

目的 了解南宁市腹泻患儿人星状病毒的基因特征。 方法 收集2013年南宁市某医院儿科门诊腹泻患儿粪便标本201份,采用实时荧光PCR法进行人星状病毒检测,阳性标本再用PCR方法扩增开放读码框2(open reading frame 2,ORF2)部分片段并送测序,通过Blast比对和系统进化树分析序列的基因特征。 结果 201份粪便标本中检出6份星状病毒阳性,检出率3.0%(6/201);其中5株测序成功,经Blast比对显示2株为1型,其余3株分别为2、4和5型,系统进化树分析发现1型均为lineage 1a,2型为lineage 2c,4型为lineage 4a,5型毒株与参考株的同源性为94.0%~99.0%,不进行lineage划分。 结论 南宁市腹泻患儿存在人星状病毒感染,其基因型呈多样性分布。     

南宁市朝阳溪污水中诺如病毒检测及其基因型分布

目的了解南宁市朝阳溪污水中诺如病毒(Norovirus,NV)污染状况及其基因分布。方法应用实时荧光逆转录-聚合酶链(Realtime RT-PCR)方法对2011年采集的72份朝阳溪污水进行NV检测,阳性标本进行基因克隆和序列测定,并进行亲缘关系分析。结果 72份污水均能检出NV,基因Ⅰ组(GenogroupⅠ,GⅠ)NV、基因Ⅱ组(GenogroupⅡ,GⅡ)NV阳性率分别为70.83%和100.00%。经亲缘关系树分析发现,测序成功的239株阳性克隆,共包含有16种不同亚型的NV,GⅠ(GⅠ.1、GⅠ.3、GⅠ.4、GⅠ.6、GⅠ.9、GⅠ.10、GⅠ.13、GⅠ.14、)、GⅡ(GⅡ.1、GⅡ.2、GⅡ.3、GⅡ.4、GⅡ.5、GⅡ.6、GⅡ.12、GⅡ.14)各8种。污水中GⅠ和GⅡNV代表株与广西急性腹泻病例的各亚型代表株的亲缘关系密切。在污水中还检测到37株在广西腹泻病例中未检测到的基因亚型NV,占总NV检出株数的15.48%(37/239),其中GⅠ有6个亚型、GⅡ有2个亚型。NV各亚型中检出比例最高的是GⅡ.14,占31.80%(76/239)、GⅠ.4次之,占18.83%(45/239)。在污水中同时检出GⅡ.4 2006年变异株与2010年变异株。结论污水监测能从侧面反映有多个基因亚型NV在南宁市人群中流行,但一些基因亚型的NV可能以隐性感染为主。     

2010-2014年广西脊髓灰质炎病原学监测结果分析

目的：评估广西脊髓灰质炎（脊灰）的实验室监测现状,为广西维持无脊灰状态提供实验室依据。方法按世界卫生组织（WHO）的《脊髓灰质炎实验室手册》,对广西2010—2014年急性弛缓性麻痹（acute flaccid paralysis, AFP）监测病例及2011年环境污水标本进行病毒分离,分离到的脊髓灰质炎病毒（poliovirus, PV）阳性株进行型内鉴定及VP1编码区序列测定分析。结果共采集AFP病例粪便标本3016份,环境污水标本72份。从粪便标本中分离到PV 47株,分离率为1.56%;从污水标本中分离到PV 120株。所有PV经型内鉴定均为疫苗相似株。结论2010—2014年广西的AFP病例及2011年的环境标本监测均未检出脊髓灰质炎野病毒（wild poliovirus,WPV）和脊灰疫苗衍生病毒（vaccine-derived poliovirus,VDPV）,提示广西继续保持无脊灰状态。     

人类札幌病毒研究进展

正札幌病毒(Sapovirus,Sa V)属于杯状病毒科(Caliciviridae)中的札幌病毒属(Sapovirus),可引起人类和动物的急性胃肠炎。Sa V于1976年在腹泻病人样本中首次检出[1],此后日本札幌市一所育婴院在1977年至1982年之间发生的多起急性胃肠炎暴发中均检出了与之形态相似的病毒,经病毒学与遗传学研究,将1982年暴发中检出的Sa V毒     

2013年南宁市某医院2岁以下腹泻患儿诺如病毒和人星状病毒感染分析

目的 了解南宁市2岁以下腹泻患儿诺如病毒(NoV)和人星状病毒(HAstV)的感染情况.方法 收集2013年南宁市某医院儿科门诊2岁以下腹泻患儿粪便标本,采用实时荧光PCR法进行NoV和HAstV检测.结果 201份粪便标本中NoV和HAstV检出率分别为11.4％ (23/201)和3.0％ (6/201),两种病毒混合感染率为1.0％ (2/201),NoV检出率在8～10月出现高峰,50％的HAstV阳性病例分布在1～3月.结论 NoV和HAstV均为南宁市2岁以下腹泻患儿的重要病原,其中NoV检出率与先前研究相比明显下降,HAstV检出率则处于较低水平,推测本地区婴幼儿NoV感染高峰期可能为夏秋季节,HAstV感染则可能多发于冬春季节.     

广西壮族自治区实验室确诊麻疹病例麻疹病毒IgG抗体亲和力特征

目的 分析麻疹病毒(Measles virus, MV)IgG阳性实验室确诊麻疹病例的IgG亲和力特征。方法 选择广西2015-2017年MV IgG阳性实验室确诊麻疹病例，采用基于MV IgG酶联免疫吸附试验的尿素变性亲和力检测方法，检测血清IgG亲和力，分析平均相对亲和力指数(Relative avidity index, RAI)和高/中/低亲和力比例。结果 在136例MV IgG阳性麻疹病例中，IgG平均RAI为49.74%,高、中、低亲和力分别占47.79%、28.68%、23.53%。<8月龄、8-35月龄、3-19岁、20-39岁、≥40岁病例IgG平均RAI分别为23.61%、41.60%、60.80%、52.65%、69.49%,高亲和力比例分别为0.00%、30.77%、80.00%、50.00%、84.62%;0剂次、1剂次、≥2剂次、不详含麻疹成分疫苗(Measles containing vaccine, MCV)免疫史病例的平均RAI分别为43.43%、50.34%、65.38%、47.84%,高亲和力比例分别为36.36%、46.94%、87.50%...     

2018年广西壮族自治区防城港市流行性腮腺炎疫情K基因型病毒SH基因特征北大核心

目的分析2018年广西壮族自治区防城港市流行性腮腺炎(流腮)疫情中K基因型腮腺炎病毒(Mumps virus,MuV)分离株的SH基因特征。方法从2018年防城港市小学流腮疫情中采集病例血清和口腔拭子,分别采用酶联免疫吸附试验和实时荧光逆转录-聚合酶链反应检测MuV IgM/IgG抗体和核酸,对阳性核酸样本的SH基因进行扩增和测序,分析其基因特征。结果在采集样本的流腮病例中,MuV IgM、IgG抗体阳性率分别为68.2%(15/22)、100%(22/22),MuV核酸阳性率为80.8%(21/26)。选取10株MuV进行SH基因核苷酸序列分析,经鉴定均为K基因型,核苷酸同源性为99.6%-100%;其与2016年中国广西和越南K基因型株、中国S79疫苗株的核苷酸同源性分别为99.0%-99.6%、84.4%-84.8%。MuV分离株的某些氨基酸位点发生了突变。结论2018年广西防城港市流腮疫情为K基因型MuV引起;与越南K基因型MuV亲缘关系密切。需加强中越边境地区含腮腺炎成分疫苗接种和流腮监测处置工作。     

南宁市朝阳溪污水中诺如病毒GⅡ.4型变异株基因分析

目的了解南宁市朝阳溪污水中诺如病毒(Norovirus,NV)GⅡ.4变异株的基因特征。方法 2011年1~12月采集72份南宁市朝阳溪污水,经实时荧光逆转录-聚合酶反应(Realtime RT-PCR)方法进行NV核糖核酸(RNA)检测,阳性标本进行基因克隆测序和遗传进化分析。结果 72份污水中均能检测到NV RNA,基因Ⅰ组(GenogroupⅠ,GⅠ)NV RNA阳性率为70.83%,基因Ⅱ组(GenogroupⅡ,GⅡ)阳性率则达100.00%,共为16个基因型,有18株为GⅡ.4型,其中2株为2006b变异株,其余16株均为2010变异株。检测到的2006b变异株和2010变异株在衣壳蛋白N/S区第94位氨基酸均发生变异,而在第6位、第15位仅2010变异株发生了变异,2006b变异株(除SW2011041-2株外)均无变异。这些变异株与同年南宁市腹泻病例中NV GⅡ.4型变异株核苷酸型内同源性分别为96.70%~98.93%和97.42%~99.64%。结论南宁市朝阳溪污水中NV存在很高的遗传多样性,其来源可能是周边居民中的感染者;GⅡ.4型NV中2010变异株为优势株,其在人群中可能存在隐性感染;污水监测是人间NV感染监测的重要补充。     

广西中越边境口岸地区1株Nam Dinh病毒的分离及鉴定北大核心CSCD

目的分离鉴定广西中越边境口岸地区来源的1株NDiV,并对其进行同源性比较和进化分析。方法将蚊虫标本研磨液接种C6/36和BHK21细胞,提取阳性分离物的病毒RNA,合成cDNA后进行二代测序,获得毒株的全基因组序列,利用Editseq软件识别该序列的ORF和非编码区,采用Bioedit 7.0软件进行同源性比较,采用MegaⅩ软件分别构建全基因组、RDRP和S基因的系统进化树。结果接种1批次三带喙库蚊标本的C6/36细胞出现明显的病变,病毒命名为Ad2019035sd,二代测序显示该毒株的NDiV覆盖率为99.80%;比较Ad2019035sd与Mesoniviridae科参考株全基因组核苷酸同源性在57.9%~98.9%之间,主要蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸同源性分别在56.7%~100%和40.0%~99.5%之间,其中与深圳毒株SZ11706Z的同源性最高。全基因组、RDRP和S基因系统进化树均显示毒株Ad2019035sd与两株NDiV毒株在同一进化分支。结论毒株Ad2019035sd为NDiV,与深圳毒株SZ11706Z高度同源,为广西地区NDiV感染情况调查及相关研究提供了基础资料。     

2018年广西壮族自治区1-59岁人群乙型肝炎血清流行率调查北大核心

目的了解广西壮族自治区2018年1-59岁人群乙型肝炎病毒(HBV)血清流行率。方法采用分层随机抽样在广西14个市选择40个县1-59岁常住人群进行问卷调查和采集血标本,检测HBV表面抗原(HBsAg)、HBV表面抗体(HBsAb)、HBV核心抗体(HBcAb)、HBV e抗原(HBeAg)和HBV e抗体(HBeAb),分析血清流行率。结果共纳入研究对象10256名,HBsAg、HBsAb、HBcAb阳性率分别为4.3%、59.3%、24.1%(标化值:7.2%、58.3%、41.2%);其中HBsAg、HBcAb阳性率随年龄增加而上升,<15岁儿童HBsAb阳性率随年龄增加而下降。年龄、地区、性别、民族、职业、文化程度、婚姻状况、乙肝疫苗(HepB)免疫史是HBsAg阳性率的显著影响因素。在438例HBsAg阳性人群中,HBeAg、HBeAb阳性率分别为22.8%、73.2%。结论实施HepB免疫策略对广西儿童乙肝的防控成效显著。应加强适龄儿童HepB接种,探索成人HepB免疫策略。