斑嘴鸭线粒体全基因组序列测定及分析

根据斑嘴鸭(Anas poecilorhyncha)同属近缘物种绿头鸭(Anas platyrhynchos)线粒体基因组(mt DNA)序列设计引物,采用直接测序技术对斑嘴鸭mt DNA全序列进行综合分析。结果显示,斑嘴鸭mt DNA序列全长16 606 bp,包含22个tRNA、2个rRNA基因、13种蛋白质编码基因和1个D-loop区。碱基组成T为22.2%,C为32.8%,A为29.2%,G为15.8%,无明显的AT偏好性,22种tRNA都为典型的三叶草结构。参照棕头鸦(Larus brunnicephalus)、黑尾地鸦(Podoces hendersoni)的12S rRNA,对斑嘴鸭12S rRNA的二级结构进行预测,结果其含有4个结构域,37个茎环。对D-loop控制区序列分析发现含有goose hairpin,E-box,F-box,D-box,Bird similarity-box及CSB1-box。并以原鸡作为外群,采用N-J算法和ML算法,基于mt DNA全序列及D-loop区分别构建系统进化树,发现3个家鸭品种与绿头鸭亲源关系较近。