杂合型单核苷酸多态性定量焦测序测定法用于唐氏综合征快速诊断的探索

目的 通过筛查人21号染色体上的杂合型单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,初步建立基于定量焦磷酸测序反应的唐氏综合征分子诊断方法.方法 基于改进引物设计的等位基因特异性扩增法,在21号染色体上选取7个SNP位点进行杂合子筛选,通过焦测序法检测SNP中两个等位基因型的比值,并作为诊断唐氏综合征的依据.结果 通过对84名正常中国人基因组样本进行筛查,得到6个杂合率较高的SNP位点.6个SNP位点的杂合子覆盖率为92.9%.应用这6个SNP位点对10例唐氏综合征患者的样本进行了焦测序定量检测,结果表明10例患者样本中有9例样本的两个基因型比值为2:1或1:2,1例未检出杂合子,检出率为90%.结论 初步建立了一种唐氏综合征辅助诊断方法,具有成本低、操作简单、快速和结果明了的优点,可以有效地快速诊断唐氏综合征,为今后进一步完善该方法,并将其用于临床诊断奠定了基础.     

基于荧光素酶生物发光检测方法的研究及其应用进展

生物发光现象广泛存在于自然界中,不管是在陆地或是海洋都有发光生物的踪迹。其中基于荧光素酶的生物发光系统被广泛研究,启发着人类在基因、表观遗传等方面进行探索,并且开发出一系列相关的检测方法,用于体内体外各方面研究。本文从生物发光系统、荧光素酶的种类以及荧光素酶生物发光检测方法的开发与应用这几个方面进行总结,简要概括近年来基于荧光素酶生物发光检测的研究进展。     

新一代基因编辑工具研究进展

目前,以核酸酶为主要成分的基因编辑工具已经成功实现可编程地对哺乳动物基因组进行靶向突变或插入删除,从锌指核酸酶（ZFNs）、转录激活子样效应子核酸酶（TALENs）、CRISPR/Cas系统发展到更安全更精准的Cas9融合蛋白基因编辑工具和其他核酸酶基因编辑工具,本文系统阐述了基因编辑的发展演进历程、介绍了新一代基因编辑工具的开发与优化,针对基因编辑工具的临床应用与面临的挑战进行了展望。     

单细胞基因组和转录组的共测定方法研究进展

单细胞测序提供了大量样品测序所不能提供的异质性等信息。然而由于细胞生长发育受多种因素调节,仅依靠基因型或者表型信息无法全面、准确地说明问题。因此,开发单细胞基因组转录组共测定技术为研究基因变异与表型变异间的关系提供了强有力的工具。目前,单细胞基因组与转录组共测定技术主要分为全细胞裂解法（如：G&T-Seq、DR-Seq）,细胞膜裂解法（如：SIDR、微流控芯片法）以及其他方法（如：Simul-Seq、Gel-Seq）。本文对这几类技术进行了简要介绍,并对其前景进行了展望。     

不同粪便DNA提取试剂盒及样本储存时间对粪便人基因组DNA提取率的影响

目的比较不同粪便DNA提取试剂盒及粪便样本不同储存时间对粪便人基因组DNA提取效率的影响。方法对18例体检健康者使用QIAamp DNA Stool Mini Kit,MO BIO UltraCleanFecal DNA Isolation Kit,E.Z.N.A.Mag Bind Stool DNA Kit 3种粪便DNA提取试剂盒进行粪便DNA提取,通过紫外分光光度法对总DNA产量和纯度进行分析,通过实时荧光聚合酶链反应(PCR)方法对提取产物中结肠腺瘤性息肉病基因进行定量,并比较人基因组DNA提取效率的差异及不同样本储存时间对其影响。结果在3种试剂盒中,QIAamp DNA Stool Mini Kit对人基因组DNA的提取产量最高(平均67.81 ng/g),E.Z.N.A.Mag Bind Stool DNA Kit提取产物纯度最高(A260/A280平均2.07),MO BIO UltraCleanFecal DNA Isolation Kit操作耗时最短(约40 min);粪便样本在-70℃条件下储存30 d内,不同储存时间对总DNA提取效率差异有统计学意义(P0.01)。结论 QIAamp DNA Stool Mini Kit对粪便人基因组DNA的提取效率最高,且于-70℃储存粪便样本30 d内对人基因组DNA提取效率无影响。     

焦磷酸测序技术对阿司匹林个体化用药相关SNP位点分型

阿司匹林的抗血小板作用在临床存在显著的个体差异,而rs5918、rs12041331和rs730012 3个单核苷酸多态性位点与阿司匹林的药效和不良反应有着密切的联系。本文基于PCR结合焦磷酸测序技术,建立了阿司匹林相关SNP位点的基因分型方法。自主设计扩增引物和测序引物;优化PCR扩增条件,使3个位点能够在相同的条件下扩增并通过梯度稀释基因组DNA检测方法的灵敏度;最后,分别基于本文建立的新方法和Sanger测序技术对20例临床样本进行3个位点的基因分型,验证该方法的准确性。结果显示,本文成功建立了阿司匹林个体化用药相关SNP位点的基因分型方法,检测下限低至0.4 ng 基因组DNA,用两种方法对20例临床样本进行3个位点的基因分型,结果完全一致,说明该方法有较高的准确性。     

用于新型冠状病毒核酸检测的即时检测方法研究进展

新型冠状病毒（SARS-CoV-2）引起的新型冠状病毒肺炎（corona virus disease 2019，COVID-19）在全世界范围内快速传播，截至2020年9月30日全球感染人数已达3 300万人，造成100多万人死亡，给公众的生命健康造成严重威胁。基于实验室的标准化核酸检测方法周转时间长、成本高，因此急需开发便捷检测新冠病毒的方法，实现在资源有限的情况下快速测试以及时控制疫情。本文从提取、扩增、检测3个方面总结了针对新型冠状病毒所开发的核酸即时检测方法（point-of-care testing，POCT），并对整合了这3个步骤的商业化即时检测装置进行简要介绍，以期为COVID-19及其他新兴传染病的紧急应对和快速部署提供参考。     

杂合型单核苷酸多态性定量焦测序测定法用于唐氏综合征快速诊断的探索

目的 通过筛查人21号染色体上的杂合型单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,初步建立基于定量焦磷酸测序反应的唐氏综合征分子诊断方法.方法 基于改进引物设计的等位基因特异性扩增法,在21号染色体上选取7个SNP位点进行杂合子筛选,通过焦测序法检测SNP中两个等位基因型的比值,并作为诊断唐氏综合征的依据.结果 通过对84名正常中国人基因组样本进行筛查,得到6个杂合率较高的SNP位点.6个SNP位点的杂合子覆盖率为92.9%.应用这6个SNP位点对10例唐氏综合征患者的样本进行了焦测序定量检测,结果表明10例患者样本中有9例样本的两个基因型比值为2:1或1:2,1例未检出杂合子,检出率为90%.结论 初步建立了一种唐氏综合征辅助诊断方法,具有成本低、操作简单、快速和结果明了的优点,可以有效地快速诊断唐氏综合征,为今后进一步完善该方法,并将其用于临床诊断奠定了基础.     

LC-MS/MS测定大鼠血浆中阿托伐他汀及其活性代谢产物

目的 建立LC-MS/MS同时测定大鼠血浆中阿托伐他汀、邻羟基阿托伐他汀及对羟基阿托伐他汀的方法,并应用于CYP3A酶诱导模型大鼠和正常大鼠体内阿托伐他汀的药动学研究。方法 采用甲基叔丁基醚-乙酸乙酯（50︰50）液液萃取法提取大鼠血浆中药物。使用XBridge C₁₈（2.1 mm×250 mm,3.5 μm）色谱柱,柱温35℃;流动相为0.1%甲酸-乙腈（40：60）,等度洗脱4.4 min,流速0.2 mL·min^-1;进样体积10 μL。质谱采用电喷雾离子（ESI）源,以正离子多反应监测（MRM）模式进行定量分析,选择m/z 559.1→440.1（阿托伐他汀）,m/z 575.3→440.2（邻羟基阿托伐他汀/对羟基阿托伐他汀）,m/z 564.3→445.3（阿托伐他汀-d₅,内标）作为检测离子对。以地塞米松80 mg·kg^-1·d^-1连续灌胃给药4 d,建立CYP3A酶诱导模型,取正常及模型大鼠给药后0,0.083,0.17,0.25,0.33,0.5,0.75,1,1.5,2,3,4,6 h血样于肝素抗凝管中,离心收集血浆,冷冻保存直到进行测定。结果 阿托伐他汀及其2种代谢产物在0.49~500.00 ng·mL^-1内均有良好的线性关系（r²>0.99）;批内、批间精密度RSD<15%（n=6）;方法的提取回收率和基质效应均满足生物样品的检测要求;含药血浆在室温放置4,24 h、4℃放置3 d稳定。诱导组大鼠血浆中阿托伐他汀血药浓度达峰时间（T_max）提前,血药浓度-时间曲线下面积（AUC_0-t）显著低于正常组,消除速率常数K和清除率CL略高于正常组。结论 新建立的方法简便、稳定、灵敏,能够用于大鼠血浆内阿托伐他汀及其活性代谢产物的浓度测定和药动学研究。进入CYP3A酶诱导模型大鼠与正常大鼠体循环的活性药物成分差异显著。     

杂合型单核苷酸多态性定量焦测序测定法用于唐氏综合征快速诊断的探索

目的 通过筛查人21号染色体上的杂合型单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,初步建立基于定量焦磷酸测序反应的唐氏综合征分子诊断方法.方法 基于改进引物设计的等位基因特异性扩增法,在21号染色体上选取7个SNP位点进行杂合子筛选,通过焦测序法检测SNP中两个等位基因型的比值,并作为诊断唐氏综合征的依据.结果 通过对84名正常中国人基因组样本进行筛查,得到6个杂合率较高的SNP位点.6个SNP位点的杂合子覆盖率为92.9%.应用这6个SNP位点对10例唐氏综合征患者的样本进行了焦测序定量检测,结果表明10例患者样本中有9例样本的两个基因型比值为2:1或1:2,1例未检出杂合子,检出率为90%.结论 初步建立了一种唐氏综合征辅助诊断方法,具有成本低、操作简单、快速和结果明了的优点,可以有效地快速诊断唐氏综合征,为今后进一步完善该方法,并将其用于临床诊断奠定了基础.