胃癌中EXD3基因的表达及功能的生物信息学分析

目的通过生物信息学分析研究胃癌与正常胃粘膜间具有差异性表达的基因,找出参与胃癌发生发展及预后的关键基因, 并对其所涉及的功能进行分析预测。方法从GEO表达谱数据库中下载表达谱基因芯片数据GSE100935（包括18例胃癌样本 及正常胃粘膜组织）,利用Morpheus在线软件分析基因芯片GSE100935的数据,获得在胃癌与正常胃粘膜组织中存在差异表达 的基因,并构建聚类分析热图;利用软件UALCAN在线分析差异表达基因在胃癌与正常胃粘膜组织中表达水平;利用Kaplan- Meier绘图软件对差异表达基因在胃癌患者中的表达高低进行生存分析;最后采用Fun Rich软件进行GO功能富集分析,网站 STRING构建目的基因蛋白互作网络。结果通过分析基因芯片GSE100935 获得45119 个差异表达的基因;在线分析软件 UALCAN显示EXD3基因在胃癌组织中高表达;同时生存分析提示当EXD3基因高表达时,胃癌患者的预后相对较差;GO功能 富集分析发现,差异表达基因主要与胃癌细胞核苷酸的新陈代谢调节以及转录因子的活动有关。结论EXD3可能是胃癌中潜 在的癌基因,可能与DNA损伤修复有关,其表达上调在胃癌的发生发展及预后过程发挥重要作用,并有望成为判断胃癌患者预 后的重要的生物学指标。     

胃癌中IBSP基因表达及预后的生物信息学分析

目的：通过生物信息学分析筛选出胃癌和正常胃黏膜间差异表达基因,分析并预测其在胃癌发生发展及预后中的价值。方法：从癌症基因组图谱（the Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库下载胃癌患者RNA-seq数据,使用软件R-Studio筛选差异表达基因,运用DAVID进行基因本体（gene ontology,GO）富集分析和京都基因与基因百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路分析,研究PI3K-Akt通路中表达差异最明显的基因,通过网站UALCAN对其进行表达量及临床病理特征分析,利用在线网站STRING构建蛋白互作网络,同时利用Kaplan-Meier Plotter在线分析其与胃癌患者预后的相关性。结果：共获得5 704个差异表达基因,包括1 225个上调和1 479个下调的蛋白编码基因;KEGG通路分析确定骨涎蛋白（inte－grin binding sialoprotein,IBSP）为目的基因;IBSP基因在胃癌组织中明显高表达（P<0.001）;且与胃癌患者的临床病理特征及不良预后明显相关（P<0.05）。结论：IBSP基因作为胃癌中潜在的癌基因,可能通过PI3K-Akt信号通路调控胃癌的早期进展,进而导致胃癌患者预后不良,有望成为胃癌新的临床诊断和预后标志物。