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利用圆斑星鲽(Verasper variegatus Temminck et Schlegel)和相关鱼类的部分线粒体基因序列,设计出6对扩增引物,通过PCR扩增产物直接测序和引物行走(Primer walking)法测定圆斑星鲽线粒体基因组全序列,并对其进行结构与进化分析。圆斑星鲽线粒体基因组序列长17273 bp,其基因序列及构成都与其他硬骨鱼基本相同,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和2个非编码区(控制区和WANCY区)。在22个tRNA基因中,tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(第2个)、tRNAGlu和tRNAPro的编码基因位于L链上,其余则位于H链上。在13个蛋白质编码基因中,除了COⅠ基因的起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子。蛋白质编码基因包括具有完整TAA终止密码子的ND1,COⅠ,ATP8,ND4L,ND5,而其他蛋白编码基因则具有不完全终止密码子。在L链上,ND6是仅有的一个蛋白质编码基因。圆斑星蝶的控制区包含1个终止相关序列区(ETAS)、6个中央保守序列区(CSB-A、B、C、D、E、F)和3个保守序列区(CSB-1、2、3)以及长串联重复区(Tandemly repeat sequence)。用NJ法和MP法对5个目22种鱼mtDNA的13个蛋白质编码基因的氨基酸序列进行系统分析,结果显示,圆斑星蝶与石鲽关系最近,鲽形目的鲆、鲽类与鲈形目的科(Carangidae)、鲷科(Sparidae)鱼类亲缘关系较近,而同属于鲽形目的塞内加尔鳎(Solea senegalensis)没有和任何目聚在一起,成为一个独立的分支。圆斑星蝶的基因组全序列序列已提交到GenBank,登录号为DQ403797,控制区单元型序列的GenBank登录号为DQ834444~7。 相似文献
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辽东湾斑海豹线粒体苏氨酸和脯氨酸及控制区部分序列分析 总被引:1,自引:1,他引:1
通过PCR产物测序法,测定了46只辽东湾斑海豹线粒体DNA的一段包括部分苏氨酸和脯氨酸tRNA基因及部分控制区的717 bp序列,得到17个序列单元型。与港海豹相比,所有辽东湾斑海豹17个单元型在控制区序列中都有2处缺失,是区分港海豹和斑海豹的种间分子标记。与日本海和鄂霍次克海区斑海豹m tDNA相同片段进行比较研究,发现辽东湾斑海豹的线粒体控制区DNA的单元型比例相对较少,遗传多样性水平相对较低。辽东湾斑海豹m tDNA的16296位点即苏氨酸tRNA基因序列的最后一位有1个C碱基的插入,16607位点存在T/C转换,这两个变异位点是鉴别辽东湾斑海豹与日本及鄂霍次克海区斑海豹的重要分子标记。初步表明,辽东湾斑海豹与日本海、鄂霍次克海斑海豹是属于不同的地理种群,或者辽东湾斑海豹同这两个海区斑海豹未发生基因交流或者雌性个体的相互交流。 相似文献
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于2007、2008年每年的3-11月,对大连沿海地区的仿刺参养殖池塘叶绿素a含量进行了调查,并对初级生产力进行了估算.结果表明,大连沿海各地区的仿刺参养殖池塘中叶绿素a年均含量为2.11~5.40 mg/m3,最高值出现在2007年8月的庄河,平均值为12.96 mg/m3,最低值出现在2007年3月的旅顺附近,平均值为0.17 mg/m3.仿刺参养殖池塘中初级生产力的年均值为111.38~272.58 mg/(m2 · d),最高值出现在2007年6月的瓦房店复州湾地区,平均值为602.72 mg/(m2 · d),最低值出现在2007年3月的旅顺附近,平均值为16.47 mg/(m2 · d). 相似文献
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以虾夷扇贝闭壳肌重量与脂肪酸组成为主要筛选指标,通过对不同选育家系的生长性状进行比较,在筛选出闭壳肌高出柱率家系的同时,以EPA、DHA和ω-3/ω-6脂肪酸比值等重要营养性状作为参考指标进行家系筛选。结果显示,在12个选育家系中,B04、B05、B10家系的出柱率优势最显著;各家系闭壳肌的EPA+DHA占总脂肪酸45%以上,ω-3/ω-6脂肪酸比值范围为10.94~12.69,家系B03、B05、B06、B07、B10、B11与B12在闭壳肌脂肪酸含量上具有更高选育价值;综合分析,判定B05和B10为虾夷扇贝闭壳肌高出柱率且高品质脂肪酸家系。研究表明,虾夷扇贝的生长与闭壳肌的主要脂肪酸组成没有显著相关性,以闭壳肌脂肪酸含量与生长性状指标进行虾夷扇贝复合性状选育是可行的,本研究结果可以为扇贝选择育种工作的深入开展提供科学依据。 相似文献
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在面积6.7 hm^2,水深1.5~2.0 m的池塘中进行海蜇—中国明对虾—缢蛏—褐牙鲆综合养殖,在4—9月养殖周期内,采用碳氮稳定同位素法和IsoSource线性混合模型计算各种饵料对海蜇、中国明对虾、缢蛏和褐牙鲆的平均饵料贡献率,以探讨综合养殖池溏的营养级和池塘食物网结构。试验结果表明,海蜇的主要食物来源为投喂的轮虫;中国明对虾的食物来源为鳀鱼、虾夷扇贝下脚料和蜢虾;缢蛏的主要食物来源为底栖硅藻,其次为中国明对虾与褐牙鲆粪便;褐牙鲆的主要食物来源为中国明对虾,其次为虾夷扇贝下脚料和鳀鱼。海蜇的营养级为2.09~3.43,平均值为2.81;中国明对虾的营养级为3.11~4.04,平均值为3.72;缢蛏的营养级为2.37~2.94,平均值为2.62;褐牙鲆的营养级为2.63~3.83,平均值为3.42。综合分析发现,海蜇摄食浮游动物,缢蛏滤食底栖硅藻,中国明对虾和褐牙鲆摄食投喂的虾夷扇贝下脚料和鳀鱼,褐牙鲆也摄食部分中国明对虾,两者的粪便不仅为浮游单胞藻和底栖硅藻生长提供营养,还为缢蛏提供了饵料。上述研究结果为多品种海水综合养殖池塘的生态健康养殖提供科学依据。 相似文献
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为了寻找仿刺参(Apostichopus japonicus)养殖期间的"化皮病"关键调控基因,并分析这些基因所参与的信号通路,对本课题组前期已获得的仿刺参"化皮"I期(早期)、II期(中期)和III期(后期)3个阶段的病变及其同一个体正常体壁组织之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行进一步分析。主成分分析(principal component analysis,PCA)结果显示,"化皮"II期病变组织与正常组织之间的差异最小,"化皮"I期与III期表达关系比较接近,"化皮"II期是一个"转折期"。KEGG富集分析结果显示,补体与凝血级联(Complement and coagulation cascades)通路和细胞外基质受体(ECM-receptor interaction)通路在"化皮"3个阶段都显著改变。通过构建"化皮"过程关键差异表达基因调控网络,发现Ig GFc-binding protein(Fc GBP)基因和Tenascin(TN)蛋白家族基因在"化皮"不同阶段参与到发生显著变化的信号通路。q RT-PCR验证结果显示,5个DEGs在仿刺参"化皮"不同阶段表达趋势与RNA-Seq结果一致,皮尔逊相关系数r值为0.7714。"化皮"过程关键调控基因的筛选将为抗逆品种选育以及"化皮病"的防控提供科学依据。 相似文献