介观模拟研究温度对DPPC磷脂双层膜结构的影响

生物膜作为生物体的一种基本组成单元,在各种生命活动中占据重要地位。生物膜的结构和功能的稳定性是其发挥一切生理功能的前提。本文以DPPC磷脂双分子层为生物膜模型,采用基于Martini力场的粗粒化模拟方法,考察了温度对DPPC磷脂双层膜结构、形态和功能的影响。结果表明,315 K为DPPC磷脂双层膜的相转变温度;温度升高,DPPC分子间隙增加,尾链发生折叠弯曲,引起脂均面积增大,厚度减小,流动性增加;DPPC双层膜中甘油酯基团组成的栅栏区为膜中分子排列最有序的区域,也是阻碍小分子透膜的主要屏障区。研究结果不仅有助于更好地阐释生物膜的结构形态和功能之间的关系,也有助于理解药物与膜的相互作用,指导临床用药。     

HPLC/LTQ-Orbitrap MS~n结合MDF数据挖掘技术快速鉴定藏白蒿绿原酸类似物

本研究采用HPLC/LTQ-Orbitrap MSn方法获取藏白蒿提取物的全扫描质谱数据,结合质量亏损过滤(MDF)数据挖掘技术,确定藏白蒿中绿原酸类似物(CGAs)的MDF模板分子和过滤窗口,以挖掘高分辨数据所蕴含的成分信息。结果表明:根据CGAs质谱裂解规律及诊断离子,从藏白蒿中鉴定出20个CGAs。其中,单酯类CGAs类似物9个,包括3-CQA、5-CQA、1-CQA和4-CQA,1-pCoQA和5-pCoQA,1-FQA、5-FQA和4-FQA;双酯类CGAs类似物11个,包括1-CQA-glycoside和5-CQA-glycoside,3,4-DiCQA、4,5-DiCQA和3,5-DiCQA,CFQA-1、CFQA-2、CFQA-3、CFQA-4、CFQA-5和CFQA-6。该方法可快速、灵敏地检测中药复杂体系中的CGAs,且可推广应用于中药化学成分类似物的快速鉴定。     

基于机器学习方法的中药化学成分作用靶点的识别研究

与有效成分相作用靶点的识别是从分子水平阐明中药作用机理的关键步骤.本文提出1种新的思路来解决中药化学成分的靶点识别问题.该方法基于小分子化合物的结构,计算表征分子组成、电荷分布、拓扑、几何结构及物理化学性质的分子描述符,经BestFirst搜索策略和CfsSubsetEval评估策略相结合的方法筛选出与靶点作用活性相关的分子描述符.采用径向基神经网络、朴素贝叶斯和随机森林3种机器学习方法构建一系列靶点的识别模型,后期将所建模型整合成靶点识别系统,进而预测中药有效成分的作用靶点.采用10折交叉验证,3种方法得到总的预测正确率分别为83.33%～95.71%、84.62%～96.43%、82.14%～95.59%,识别过程在(0.02～0.19)秒完成.实验结果证明该方法不但简单有效,更主要的是满足面向中药化学成分的靶点识别任务对辨识效率的要求.     

基于支持向量机方法的表面活性剂增溶性能分类预测研究

为了探讨表面活性剂的增溶性能,计算了表征分子组成和拓扑等特征的148个分子描述符,经属性筛选得到13个描述符,采用支持向量机方法建立了表面活性剂增溶性能分类预测模型.结果表明,该模型预测能力及稳定性良好,5折交叉验证准确率为92.1%,测试集验证准确率为95.1%.用中药皂苷化合物对该模型进行验证,模型验证准确率达93...     

食物源ACE抑制肽的生产及构效关系研究进展

生物活性肽是蛋白质中隐藏着的可在体内发挥一定生理功能的活性肽段。目前已从食物蛋白中获得了具有免疫调节、抑菌、抗病毒、抗肿瘤、抗血栓形成、抗高血压等功能的多肽,其中血管紧张素转化酶(ACE)抑制肽是研究热点之一。ACE通过产具有升压作用的血管紧张素Ⅱ和降解扩张血管的舒缓激肽在调节血压中发挥着重要作用。ACE抑制肽可通过消化道水解、发酵和熟化过程、体外酶解和遗传重组方法而获得,并可作为功能因子添加到功能食品中,相关产品已上市或研发中。本文对ACE抑制肽的生产及其构效关系研究进展等进行综述。     

中药材黄连颗粒度对近红外光谱的影响

近红外漫反射光谱易受样品颗粒度的影响。本文对10种不同粒度的黄连的近红外光谱进行分析,讨论粒度对黄连的近红外光谱强度的影响。结果发现,小粒度黄连的近红外光谱的重现性较好。当黄连粒度小于0.154 mm时,粒度变化对黄连的近红外光谱强度的影响较小。     

常用活血化瘀类中药组分数据库的构建

目前,中药组分数据库多以化学成分的结构、活性为主,但缺少相关中药的药性、功效和药理作用等信息,难以适应中药组分数据挖掘的要求。为了有利于探讨功效与药理之间的关联关系,本文以53味常用活血化瘀类中药及其1646个组分数据为例,采集其基本信息,并按作用机制相同或相似等原则规范功效和药理数据,以ISIS/Base数据库管理系统为平台,建立常用活血化瘀类中药组分数据库。数据库由组分实体、中药实体、文献实体及其关系构成,其中组分实体有组分二、三维结构、来源和活性等13个属性,中药实体有药性、功效和药理等18个属性,文献实体有文献ID和具体文献2个属性,3个实体间的数据表通过控键互相切换。本数据库针对性强,数据相对完备,结构易与其它中药成分或天然产物数据库兼容,适于开展活血化瘀类中药药性、功效、药理指标及其物质基础的数据挖掘研究。本数据库的建立不仅为活血化瘀类中药及其组分的数据挖掘提供了研究平台,而且为探讨中药组分的数据挖掘提供了有效的方法和思路。